就像每个家庭一样，任何一家医疗机构，都会产生垃圾(生活垃圾和医疗垃圾)。这时为了保护每个来医院的人的健康，一般都会严格处理这些垃圾。
一、卫生填埋法：是将垃圾埋入地下，通过微生物长期的分解作用，使之分解为无害的物质。
二、高温焚烧法：是一个深度氧化的化学过程，在高温火焰的作用下，焚烧设备内的医疗废物经过烘干、引燃、焚烧三个阶段将其转化成残渣和气体，医疗废物中的传染源和有害物质在焚烧过程中可以被有效破坏。焚烧技术适用于各种传染性医疗废物，焚烧时要求焚烧炉内有较高而稳定的炉温，良好的氧气混合工况，足够的气体停留时问等条件，同时需要对最终排放的烟气和残渣进行无害化处置。
三、高压蒸汽灭菌法：原理是医疗废物在高温、高压的工艺条件下运行20 min以上，压力蒸汽穿透物体内部，使微生物的蛋白质凝固变性而被杀死；需要注意的是使用此处理方法时必须对医疗垃圾进行破碎处理，破碎可以在蒸煮前也可以在蒸煮后，但国家环保局公布《医疗废物高温蒸汽集中处理工程技术规范》中规定破碎后的尺寸不得大于50mm。这种方法不适宜处理病理性垃圾，如人
体组织和动物尸体等，对药物和化学垃圾的处理效率也不高。
四、热解法：是利用垃圾中有机物的不稳定性，在无氧或缺氧的条件下对之进行加热蒸馏，使有机物产生热裂解，经冷凝后形成各种气体、液体和固体，从中提取燃料油、油脂和燃气的过程。
五、化学消毒法：就是将破碎后的医疗废物与一定浓度的消毒剂(次氯酸钠、过氧乙酸、戊二醛、臭氧等)混合作用，并保证其与消毒药剂有足够的接触面积和时间，有机物在消毒过程中被分解、微生物被杀灭。消毒药剂与医疗废物最大接触是保障处理效果的前提。通过使用剪切式式破碎设备提高破碎程度、保证消毒剂能够将其穿透。适合处理液体医疗废物和病理方面的垃圾，最近也在逐步用于那些无法通过加热或润湿进行消毒灭菌的医疗废物处理。
六、微波消毒处理法：是一种新型的医疗废物处理技术，但是目前仍仅限于小批量、间歇式的处理医疗废物，不能满足大批量、连续式处理医疗废物的要求。
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