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第5章
1)简述原核生物和真核生物基因结构的特点与差别. 真核生物有内含子外显子 2)什么是ORF?
开放读框（open reading frame），由一系列指令氨基酸的密码子组成。 3)什么是序列同源性? 什么是序列一致性? 什么是序列相似性? 同源性：起源于同一祖先但发生变异的序列之间的关联性。
一致性：同源DNA序列的同一碱基位置上相同的碱基成员，或蛋白质中同一氨基酸位置相同的氨基酸成员的比例。
相似性：同源蛋白质氨基酸序列中一致性氨基酸和可取代氨基酸所占的比例。 4)什么是直系同源基因? 什么是共生同源基因? 它们的差别是什么?
直系同源基因：不同物种之间的同源基因，他们来自物种分割之前的同一祖先。
共生同源基因：同一生物内部的同源基因，他们常常是多基因家族的不同成员，其共同的祖先可能存在于物种形成之前或之后。
直系来自不同物种，共生来自同一物种。 5)蛋白质结构域在基因注解中有何意义?
由于蛋白质的整体功能是通过各个结构之间的协同作用而实现的，因此结构域的组成提供了蛋白质功能解毒的关键信息。 6)基因剔除的原理.
在一段无关片段的两侧连接与带换基因两侧相同的顺序，将这一构件导入目的细胞，由于同源片段之间的重组，可以使无关片段取代靶基因整合到染色体中。为了便于筛选,用于取代的外源DNA中含有报告基因。 基因剔除是最简便的基因失活的方法，用于高等生物基因功能的研究。
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第6章
1)异染色质与常染色质的差别是什么?
异染色质，分布在细胞核周缘，结构致密，着色深。
常染色质，分散在整个细胞核当中，结构比较松弛，着色浅。 2)何谓SAR? 何谓MAR?
骨架附着区（scaffold attachment region，SAR）：与染色体骨架附着区结合的DNA序列。 基质附着区（matrix attachment region,MAR）:与核基质结合结合的DNA序列。 3)什么是CpG岛? CpG岛有什么分布特点? CpG岛是如何产生的? CpG岛:基因组中富含双碱基CpG的序列。
特点：1.主要在脊椎动物中发现,其它种属基因组中也有CpG岛, 但特征不明显. 2.绝大多数CpG岛中很少出现胞嘧啶甲基化, 因此被认为是基因转录活跃区. 3.CpG岛主要分布在基因的启动子区和第一个外显子区. 4.绝大多数管家基因含有CpG岛, 是寻找基因的一个指标. 5.在染色体上分布很不均匀，但与基因的分布频率一致。
产生原因：1. 由于细胞内胞嘧啶甲基化与脱氨基事件常常发生, 导致复制时的C→A错配.在下一轮复制时原来的胞嘧啶(C)位置由胸腺嘧啶(T)取代, 即发生碱基代换. 因此基因组DNA顺序进化的总趋势是A/T比例增加.
2. 管家基因对生物的存活极其重要, 启动子区是基因调控的主要成分, 因此很少发生可遗传的C→A的突变, 保留了较平均值更高的G/C比.
4)叶绿体和线粒体基因组起源于原核生物的依据何在? 1.细胞器基因表达的过程很多方面与细菌相似； 2.细胞器基因与细菌基因相似性高于核基因。 5)真细菌和古细菌操纵子的组成有何差异?
6)什么是DNA转座子? 什么是RNA转座子(或逆转座子)? 这两类转座子的转座方式有何特点? DNA转座子：基因组中广泛存在的一类可以移动位置的遗传因子，涉及DNA的直接转座。 RNA转座子：以RNA为中介进行转座。
第一类本身含有编码转座子酶的基因，可以自主转录。第二类本身不含有编码转座子酶的基因，需要在转座的时候提供转座酶才能转座。
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8) 逆转座子可分为哪几类? 各有什么特点?
LTR类逆转座子：A.逆转录病毒。B.逆转录转座子（缺少外壳蛋白基因）
非LTR类逆转座子：C.重复序列LINE（缺少逆转座子边界顺序） D.重复序列SINE（由mRNA反转录产生） 9) 线粒体基因组与叶绿体基因组在结构与组成上有何差异? 线粒体基因组：1.结构非均一
2.不同种属之间线粒体基因组大小变化很大 3.含有大量短序列正向或反向重复序列 叶绿体基因组：1.结构紧凑，少非编码序列 2.不同种属之间叶绿体基因组大小比较恒定 3.拷贝数不恒定
4.有两段很长的反向序列
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第12-13章
1） 什么RNA世界?
科学依据多年的科学研究而提出的一条关于生命科学的理论。其内容为:生命进化的早期，没有蛋白质(酶)，某些RNA可以催化RNA的复制--也就是说RNA是唯一的遗传物质，是生命的源头。 2)何谓“生命的三界”？ 真细菌，古细菌，真核生物 三域
3) 基因组主要通过什么方式增加基因的数目?
1.整个基因组加倍； 2.单条或部分染色体加倍； 3.单个或成群基因加倍。 4) 新基因的产生有哪些主要方式? 基因或基因组加倍 结构域洗牌
逆转录及其随后的变异或重排 外源基因水平转移 基因裂变与融合
非编码顺序转变为编码顺序.
5) 什么是外显子洗牌? 什么是结构域重排? 它在基因组进化中起什么作用? 外显子洗牌：由不同基因中编码不同结构域的片段彼此连接形成的全新编码序列。 结构域重排：不同的结构域重新排列产生具有创新功能的基因。 它们会有一个全新的结构组合，可为细胞提供完全不同的生物学功能。 6） 转座子对基因组进化有何影响？
1.大多数转座因子含有控制基因表达的序列，转座子的插入也能改变基因的表达模式 2.参与基因编码序列重排，为基因创新提供原材料 3.可引起基因组重排
7) 基因组的扩张有哪些方式? 1.整个基因组加倍； 2.单条或部分染色体加倍； 3.单个或成群基因加倍。 1) 什么是分子钟？（第14章）
单位时间内同源蛋白质氨基酸序列或DNA核苷酸序列取代的比率称为分子钟。
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