4)选择默认参数值
5）在alignment下选择do complete alignment执行序列比对操作
6）弹出的窗口中可以默认或选择aln文件和dnd文件的存放位置。默认的话则保存在软件的文件夹下。
aln文件打开后如图所示这个文件是默认输出，可以转换成各种格式，而且很多软件都支持这种格式。Aln文件可以用于保存序列比对结果，可用专门的多序列比对着色软件如着色，并进一步做分析等操作。 dnd文件是构建进化树的文件，只能用构建进化树的软件打开。是根据两两序列相似值构建的一个指导后面多重联配的启发树。不能做进化分析。进化分析要考虑的所有同源位点的一个综合效应，因此应该用.aln格式文件专门做进化分析。
7）默认后保存的文件如下图所示，保存在软件的文件夹下
8）保存竖列的打分文件，选中全部序列，选择“quality”下的“save column to file”保存，默认保存在软件的文件夹下，如下图所示
相关推荐：
loading