上图中的0.1及下方的横线代表了该进化树上的相同距离所代表的数值，是对进化距离的一个定量显示。
4）点击file下的save as graphic 可将进化树保存成emf图形文件，如下图所示
5. 结果分析
1）从执行序列比对操作后的软件界面来看：
原来的序列中某些位置插入了空位，上方有“*”，“：”，“.”等符号。“*”集中出现在比对后第241-600个残基的区域，该区域保守度较高，说明这段区域很可能决定相近的功能。把这段区域的序列拷贝保存后可进入profile等网站中搜索或预测相应的功能。 2）从打分文件来看：残基相同时大氛围100,100集中出现的位置与软件界面显示的结果是一致的。
3）从生成的aln文件来看: aln文件将软件界面的图形结果用字符保存，可以更直观地看到保守区域。 4）从进化树文件来看：
从图上可以看出，从进化的初期，人类、鸡和两种鼠的BMP-2就朝着不同的进化方向进化。而家鼠和大鼠的BMP-2则在较晚时期才分开向着不同的方向进化。故家鼠和大鼠BMP-2的同源性较高，二者与人类和鸡的BMP-2同源性较低。
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