落数远大于Ⅱ-转化对照的菌落数，是因为转化效率不为百分之百。
在转化了连接产物的平板里，有红色菌落和白色菌落，红色菌落是转化的没有连接成功的载体，白色菌落是连接成功的载体。转入了重组质粒的转化子所占比例很少，约为6.6%（以50μL的涂布平板为例），说明重组效率低（重组效率=重组克隆数/总的克隆数=白色菌落数/（白色菌落数+红色菌落数））。
我们平板上的菌落密度大，说明我们的转化效率高，我们组的转化效率为
5
3.8×10（转化效率=单菌落数/载体DNA（μg），3.8×105=119×4÷（50×（5÷10）×（50÷1005）×10-3））。
红色菌落周围有雾状沉淀产生，而白色菌落周围有透明圈。
以Ⅲ-细胞对照中的不长菌落的培养基的颜色作为对照，没加Amp的培养基颜色变黄，长出大量红色菌落的培养基颜色变红。
（3）图3是菌落PCR的反应体系电泳图。
图3-1菌落PCR反应体系的琼脂糖凝胶电泳（1组至5组）
图3-2菌落PCR反应体系的琼脂糖凝胶电泳（6组至10组）
上样孔1（图3-1和图3-2）都是DL2000 marker,由上至下分别是2kb、1kb、750bp、500bp、250bp和100bp的条带。对PCR扩增片段大小起对照作用。在DL2000 marker的250bp和100bp的条带之间的PCR产物片段大小为125bp,在500bp和250bp的条带之间的PCR产物片段大小为564bp。
方框内（图3-1的上样孔2，3，16，17；图3-2的上样孔10，11）的是阳性对照和阴性对照（阳性对照在左侧，阴性对照在右侧），只有图3-2的阳性对照
和阴性对照是典型的。据推测，图3-2的阳性对照的片段大小为125bp的DNA片段。
图3-1的上样孔20有很宽的条带，由于量太大，不像是PCR扩增片段，很有可能是DNA杂质；或者是挑的菌落量过大。
图3-2的上样孔16和17有在500bp和750bp之间的片段，这种情况可能是由于众多125bp或是564bp或是125bp和564bp自连产生的；也有可能是DNA杂质。要通过进一步酶切对产物进行验证。
没有条带的上样孔中的样品有两种可能：①没有连入λDNA片段的空载体，也就是挑的单菌落是红色菌落；②重组质粒连入的λDNA片段大小大于2000bp,在PCR反应中没有被扩增出来。 我们组的上样孔为12，13，14，15（图3-2）。泳道13跑出了275bp的片段，泳道12，14和15没有跑出条带，可用于重组质粒的电泳检测。
(4)图4是重组质粒（rp）的琼脂糖凝胶电泳图
图4-1重组质粒（rp）的琼脂糖凝胶电泳（1至6组）
图4-2重组质粒（rp）的琼脂糖凝胶电泳（7至10组）
上样孔1、9、15（图4-1）和上样孔1和11（图4-2）是超螺旋marker（supercoiled DNA Ladder Marker）。上样孔2、10、16（图4-1）和上样孔2和12（图4-2）是PUC19。超螺旋marker由8种超螺旋的质粒DNA 构成，DNA大小分别为：2,087 bp、3,049 bp、3,997 bp、5,026 bp、6,133 bp、8,023 bp、10,085 bp、11,849 bp；用来指示重组质粒片段大小。PUC19空载体起对照作用，PUC19片段大小约为2.7kb,在泳道上跑出两条带，2,087 bp和3,049 bp之间的
条带是超螺旋的PUC19，5,026 bp处的条带是构象改变的（线性的）PUC19。
上样孔1和2没有条带可能是：①上样时样品并没有点进上样孔；②上样时样品弥散或是点样时间过长导致样品弥散。
正常情况来说，如果不考虑质粒的构象变化，除超螺旋marker外，其他泳道中的DNA只会跑出一条带。如考虑质粒的构象变化，泳道中的DNA会跑出三条带，由下往上依次是：超螺旋、线性和开环。大多数泳道的条带都在预期范围之内，但是泳道7、11、17（图4-1）和泳道4、7（图4-2）跑出了多条带，原因是他们在挑的单克隆不纯。
λDNA被HindⅢ没切成酶切出8个片段。片段长度分别为125bp、564bp、2027bp、2322bp、4361bp、6557bp、9416bp和23130bp。当插入到PUC19载体中时，其片段大小应当加上2.7kb,而23130bp的片段太大，并且23130bp片段末端和4361bp末端可以通过氢建相连形成粘性末端。所以很难与PUC19载体再连接。因此，在电泳时出现的重组质粒（rp）片段大小应的可能情况为2.8kb、3.26kb、4.7kb、5kb、7kb、9.3kb和12kb。实际连入片段大小还需通过酶切验证。
我们组的条带在上样孔5和6（图4-2），条带大小分别在2.8kb和3.26kb（插入片段大小分别为125bp和564bp）的位置，属于小片段。
连接产物的大片段有：图4-1的泳道7和17，图4-2的泳道4和7；中片段有：图4-1的泳道11，图4-2的泳道3、8和9；其余的都是小片段。依据不同的片段大小建立不同的没切反应体系。
有些目的片段的下方还存在很弱的条带（如图4-1的泳道2、3、4），这是因为碱变性法有缺陷：容易导致不可逆的变性，不适合大质粒的抽提。碱裂解法是很剧烈的方法，质粒在碱性条件下会变性，时间一长，这种变性就是不可逆的了,我们碱变性时间太长，导致质粒DNA的变性不可逆，所以实际条带位置和预估不一样。
（5）图5是酶切重组质粒的琼脂糖凝胶电泳图
图5-1 酶切重组质粒的琼脂糖凝胶电泳（大、中片段）
图5-2 酶切重组质粒的琼脂糖凝胶电泳（小片段 组1至组5）
图5-3 酶切重组质粒的琼脂糖凝胶电泳（小片段 组5至组10）
图5-1的上样孔1，图5-2的上样孔1和18，图5-3的上样孔1和14都是λ/HindⅢmarker，用来指示酶切后重组质粒的插入片段，marker的条带由下至上分别为：125bp、564bp、2027bp、2322bp、4361bp、6557bp、9416bp和23130bp。而由于125bp和564bp片段太小并且marker的加样量不够，在图中没有明显的指示条带。
图5-1的上样孔2，图5-2的上样孔2和17，图5-3的上样孔2和13是PUC19/HindⅢ，起对照作用，用来指示酶切后载体片段大小。
重组质粒是超螺旋DNA，而酶切后的片段是线性的，所以重组质粒的大小相对于PUC19/HindⅢ偏下。
各组的重组质粒被酶切后都出现了大小为2.7kb的片段。
图5-1的泳道4，8，10和14是大片段酶切后的结果，由图可知，他们插入重组质粒的DNA片段大小为6657bp。泳道4在2.7kb下方还有一条带，这是由于碱变性法提质粒导致部分质粒结构改变而产生的条带。泳道10跑出了marker的效果，可能原因有：①是他们在建立酶切体系时时混入了λ/HindⅢmarker；②他们的重组质粒就是λDNA（或λDNA的部分片段）与PUC19的重组子，不过这种可能性很小，只有在HindⅢ的活性很低的情况下才可能发生。③所配的胶
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