Molecular Simulation and Modeling
上机实习2. Gaussian软件安装、建模及优化
软件模块: Gaussian
任务: 学习Gaussian软件的安装、分子建模及结构优化 注意:
1. 在自己的电脑上提交任务 (on-time instruction); 2. 如何进行建模及结构优化(on-time instruction). 步骤:
1. GaussianView5.0软件安装
（1） 打开GaussianView5.0文件夹，看到PIN文件和SETUP文件； （2） 打开PIN文件，复制文件中的内容（序列号）； （3） 双击SETUP，出现图1所示框； （4） 一路点击“Next”，直到出现图2所示框，在Serial中粘贴刚刚复制的序列号； （5） 接着进行“Next”,直到出现图3-4所示框，全部勾选，并点击“Install”； （6） 最后点击“Finish”即可。
Instruction of Experiments
图1 图2
图3
图4
Molecular Simulation and Modeling
2. Gaussian软件的安装
（1） 打开Gaussian 09W文件夹，找到PIN文件和SETUP文件（可执行文件），打开
PIN文件并复制文件内容，双击SETUP；
（2） 一路点击“Next”，出现如下图所示的框，在“Company”中填写cug，在
“Serial”中将最先复制的序列号粘贴；
（3） 一路“Next”或“确定”，最后“Finish”即可。
Instruction of Experiments
3. 在GaussianView5.0中进行建模
（1） 在程序中找到GaussianView图标，点击打开软件，将看到下图界面：
（2） 将上图中红框中的窗口放大，右击将出现一个菜单栏，下面是对菜单栏的介绍：
Molecular Simulation and Modeling
Instruction of Experiments
分子构建及计算常用工具介绍
等价菜单
结构库
改变键长、角
加H原子 删除原子
点击选中原子
画框选中原子
全不选
全选
计算参数设置
快速提交任务
编辑参数
当前任务查询
Molecular Simulation and Modeling
（3） 在此，我们以构建CH3CH2OH为例：右击，在菜单栏中选择View，在出现的小
菜单中勾上Builder，这样出现构建分子所需的基本工具快捷菜单；
（4） 我们选择链状烷烃结构库(见图中红圈)，出现结构库窗口，选择两个C原子的乙
烷(见红框)，此时鼠标实质上已经变成了画笔，在界面上点击一次便画出一个乙烷分子，点两次便画出两个乙烷分子；
（5）
Instruction of Experiments
点击一次画一个分子！
（5） 我们在乙烷的基础上构建乙醇分子，选择元素结构库(见红圈)，出现结构库窗
口，选择O原子(见红圈)，此时出现三种结构(见绿框)，包括O原子、双键O、sp3的O。选择O_sp3，此时鼠标实质为O_sp3画笔，在已有的乙烷上的一个H原子上点击，实现羟基取代H原子，乙醇分子构建完成。
（6） 同Spartan，GaussianView中也有“Minimize”(见蓝色框)，与MS功能类似。
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