phylip软件使用及使用的详细过程

I Input sequences interleaved? Yes

0 Terminal type (IBM PC, ANSI, none)? ANSI 1 Print out the data at start of run No 2 Print indications of progress of run Yes

Y to accept these or type the letter for one to change y

两两序列的距离保存在outfile文件中。你可以将它重命名为outfile.txt，那么以后双击它时就可自动用记事本打开了。 Distances calculated for species Rabbit .... Human ... Opossum .. Chicken . Frog

Distances written to file \Done.

接着把outfile重命名为infile，运行neighbor程序（输入neighbor）。该程序从infile文件中读取距离数据。这里不需要设置，输入Y按回车。 Neighbor-Joining/UPGMA method version 3.66 Settings for this run:

N Neighbor-joining or UPGMA tree? Neighbor-joining O Outgroup root? No, use as outgroup species 1 L Lower-triangular data matrix? No R Upper-triangular data matrix? No S Subreplicates? No

J Randomize input order of species? No. Use input order M Analyze multiple data sets? No

0 Terminal type (IBM PC, ANSI, none)? ANSI

1 Print out the data at start of run No 2 Print indications of progress of run Yes 3 Print out tree Yes

4 Write out trees onto tree file? Yes

Y to accept these or type the letter for one to change y

运行完之后，树包含在outfile和outtree。可以用文本编辑器来看outfile中的树。 画树

下面我们用drawgram程序把outtree画成一棵好看的树吧。首先，把outtree重命名为intree，并把font文件的其中一个重 命名为fontfile，启动drawgram程序。该程序首先寻找文件fontfile，如果找不到它（如果你没有把字体文件之一改为fontfile 的话），它会提示输入一个字体文件。接着就会出现菜单。你需要将选项P对应的最终画图设备改为MS-windows bitmap。它还要要求你输入树的维数，比如说640x400。设置好后输入Y按回车。

Drawgram打开一个新的窗口，你可以看到一棵树，如果你满意这个结果，选择file菜单中的plot。在当前文件夹中出现一个plotfile文件。如果你将它重命名为plotfile.bmp，就可用图形工具将它打开了。

树支的长度是核苷酸或氨基酸改变的数目，改变的数目用dandist程序进化模式来估算。

氨基酸序列

所用的程序与上面所举的例子类似。只要把dnadist换成protdist就行了。

################# 详细说明 #################

除了基于距离的方法外，还有基于字符的方法：最大简约法和最大似然法。 根据实际情况，除了数据分析和画之外，我们还要验证数据的可靠性，比如用bootstrap方法。

如果运行有些程序之前，你还运行过别的程序，在文件夹中已经存在了outfile文件的话，程序会有这样的提示：

Dnadist: the file %use as output file already exists. Do you want to Replace it, Append to it, write to a new File, or Quit? (please type R, A, F, or Q)

#####DNA数据####

Dnadist的菜单

Nucleic acid sequence Distance Matrix program, version 3.66 Settings for this run:

D Distance (F84, Kimura, Jukes-Cantor, LogDet)? F84 G Gamma distributed rates across sites? No T Transition/transversion ratio? 2.0 C One category of substitution rates? Yes W Use weights for sites? No

F Use empirical base frequencies? Yes L Form of distance matrix? Square M Analyze multiple data sets? No I Input sequences interleaved? Yes

0 Terminal type (IBM PC, ANSI, none)? ANSI 1 Print out the data at start of run No

2 Print indications of progress of run Yes

D——距离计算方法，进化模式。是争对替换问题和转换颠换的。Jukes-Cantor距离假设所有替换的概率都相等。Kimura距离有两个不同 的替换率，一个对应转换，一个对应颠换。这些模式都假设每个碱基的频率是相等，且等于0.25。F84距离，转换和颠换率不同，碱基的频率也不同。 LogDet距离在序列间有较大的碱基频率差异时使用。LogDet距离不能复制含糊的代码，必须是确定的序列。

PHYLIP构建进化树的完整详细过程 一、获取序列

一般自己通过测序得到一段序列（已知或未知的都可以），通过NCBI的BLAST获取相似性较高的一组序列，下载保存为FASTA格式。用BIOEDIT等软件编辑序列名称，注意PHYLIP在DOS下运行，文件名不能超过10位，超过的会自动截留前面10位。 二、多序列比对

目前一般应用CLASTAL X进行，注意输出格式选用PHY格式。生成的指导树文件（DND文件）可以直接用TREEVIEW打开编辑，形式上和最终生成的进化树类似，但是注意不是真正的进化树。 三、构建进化树 1.N-J法建树

依次应用PHYLIP软件中的SEQBOOT.EXE、DNADIST.EXE、NEIGHBOR.EXE和CONSENSE.EXE打开。具体步骤如下： （1）打开seqboot.exe

输入文件名：输入你用CLASTAL X生成的PHY文件（*.phy）。

R为bootstrap的次数，一般为1000 （设你输入的值为M，即下两步DNADIST.EXE、NEIGHBOR.EXE中的M值也为1000） odd number: (4N+1)(eg: 1、5、9…) 改好了y

得到outfile（在phylip文件夹内） 改名为2

（2）打开Dnadist.EXE 输入2

修改M值，再按D，然后输入1000（M值） y

得到outfile（在phylip文件夹内）

改名为3

（3）打开Neighboor.EXE 输入3

M=1000（M值） 按Y

得到outfile和outtree（在phylip文件夹内） 改outtree为4，outfile改为402 (4)打开consense.exe 输入4 y

得到outfile和outtree（在phylip文件夹内） Outfile可以改为*.txt文件，用记事本打开阅读。 四、进化树编辑和阅读

outtree可改为*.tre文件，直接双击在treeview里看；也可以不改文件扩展名，直接用treeview、PHYLODRAW、NJPLOT等软件打开编辑。TREEVIEW可以显示BOOTSTRAN值，序列较多（60条以上）的时候打开直接显示有明显的重叠，可以在打印预览中显示，或输出为EMF WMF图片文件看，但是序列较多时BOOTSTRAN值的显示位置比较乱，和序列名称有重叠。

PHYLODRAW的编辑功能较强，可以自由调节X、Y轴的长度。输出格式为BMP、PS格式。缺点是不能直接显示BOOTSTRAN值，包括打开TREEVIEW输出的NEX文件，而且输出的BMP文件不全，类似截屏文件，我用PHOTOSHOP进行拼接合成，添加BOOTSTRAN值和注解符号等。据说也可以将PS文件用记事本打开，改变其中的字号，然后通过ADOBE DISTRILLOR将PS转化为PDF，就可以解决问题。如果发现还有重叠，可以再次改变PS文件中的字号大小，直到合适为止。

NJPLOT可以显示BOOTSTRAN值和分值长度。但是不能调节图片X、Y轴的长度。

建MP,ML树将Dnadist和Neighboot两步分别改为Dnapars和Dnaml，其余步骤相同。据说ML法序列较多是非常耗时，我没有尝试。因为我的序列较多。

也可以用CLASTAL X中的BOOTSTRAN N-J TREE法生成进化树，TREE菜单输出格式选项（OUTPUT FORMAT OPTION）中的BOOTSTRAN LABELS ON 选NODE（节点）。在treeview里，选择tree菜单 ,然后把show internal edge lables 的选项打勾了，直接打开生成的文件bootstrap的值就可以显示出来。