合专利申请不予采纳，是因为国内认为这是发现而不是发明，因此默克和GSK在国内主要针对L1蛋白的氨基酸序列或对应核苷酸序列申请专利保护，国内企业一般通过对氨基酸序列进行修改绕过专利。2016年7月GSK的HPV2疫苗在中国上市（用于9-25岁女性，2018年延长至45岁前女性），默克的HPV4疫苗于2017年5月在国内获批上市（用于20-45岁女性），2018年4月其HPV9疫苗在我国有条件批准上市，适用于16-26岁女性。目前国产疫苗进展最快的为厦门万泰沧海，2价HPV疫苗正在申报上市（适用于9-17岁女性），目前正在拓展适用年龄段相关试验也进入临床III期。其他进度较快的企业有沃森旗下的泽润生物，以及成都和北京生物制品所（临床III期）。
轮状病毒（RV）型别分布在世界各地差异较大，因此可以产生交叉保护效果的毒株筛选至关重要。从1981年动物株疫苗开始至1998年人-猴基因重配疫苗RotaShield获批上市（因肠套叠退市），一直没有全球范围有效的RV疫苗上市，直至2006和2008年默克的5价口服疫苗RotaTeq（人-牛基因重配株）和GSK的口服单价疫苗Rotarix（人源株）分别在美国上市。RV疫苗的使用使美国轮状病毒肠胃炎的总体发病率下降了69%，但在亚洲、非洲的一些临床结果表明两种疫苗在这些地区的保护率较低，其主要原因一方面是亚非拉地区的RV型别分布与欧美等发达国家存在较大差异，另一个主要原因是母源的血清抗体和母乳中的抗体对口服RV疫苗产生了影响。中长期看可能需要重新审视RV疫苗在当地是否能够起到足够的保护作用，并结合当地流行株情况研发新的RV疫苗；另外，未来RV疫苗也会向着非复制型
（如灭活注射疫苗）方向发展，以减少母乳对口服疫苗效果的不利影响。目前默克的RotaTeq已在中国上市，其他上市的RV疫苗为2000年获批的兰生所生产的羊株来源（第一代）的单价疫苗，兰生所另一款3价口服基因重配疫苗已在申报上市（第二代），其他进度较快的为武生所的6价口服基因重配疫苗（临床III期）。
EV71病毒分为A、B、C三个基因型，且在流行中易发生转换，但各型同源性大于80%，可以产生交叉免疫保护，因此其研发方向为联合疫苗而不是覆盖更多型别。目前尚未阐明EV71的毒力位点，因此出于安全性考虑，减毒活疫苗的研发受限，目前已经上市的三种EV71疫苗均为全病毒灭活疫苗，而基因工程疫苗仅康泰生物的重组疫苗处于临床Ⅱ期。
水痘-带状疱疹病毒（VZV）在分布上具有显著的地域特征，美国地区以基因型E1为主，中国以基因型J为主。VZV具有潜伏-活化特性，原发感染可能引起水痘，当携带者进入老年阶段，VZV病毒会被重新激活，出现带状疱疹症状。在美国带状疱疹发病率非常高，在50岁以上人群中达到6-11人/千人。全球两款疫苗相比于Zostavax（默克，减毒活疫苗），Shingrix（GSK）为基因工程疫苗对带状疱疹和带状疱疹引发的疱疹后神经痛均有更强的防护效果，并于于2019年5月在中国获批上市。目前国内带状疱疹疫苗有5家企业正在研发中，但申报的均为减毒活疫苗（第一代疫苗），其中长春百克和上生所进度最快处于临床II期。
H1N1和H3N2流感病毒是对人类威胁较大的两种亚型，具有变异
后交替出现的特点，在流感爆发周期中具有早期以H1N1、H3N2甲流病毒为主要致病源，中后期逐渐过渡至乙流病毒的特点，甲流病毒和乙流病毒在不同年龄段导致的发病率不同。当前的流感疫苗主要分三代，全病毒灭活流感疫苗、灭活裂解疫苗和亚单位疫苗（组分疫苗），其中灭活裂解疫苗由于免疫原性和安全性均较好而占据市场主流。亚单位疫苗保护效果优于流感裂解疫苗，而后者又优于全病毒灭活疫苗，虽然目前基因工程疫苗非劣效于裂解疫苗但成本较高。流感病毒的高突变率和频繁的基因重组是研制流感疫苗最大的障碍，GIHSN的数据显示流感疫苗的总体有效率仅27%，因此针对所有变异型的通用疫苗成为发展趋势。
联合疫苗不是几种抗原组分的简单混合，各组分之间会发生化学或物理作用导致各类抗原的免疫原性发生改变，因此联合疫苗最核心的问题是解决各抗原间是否会产生相互影响，其次是保证联合后的成品稳定性。以DTaP为基础的联合疫苗中最常见的抗原冲突为对乙肝HepB的抑制，虽然佐剂、DTaP短期会抑制Hib PRP抗体表达水平，但是长期不会影响免疫应答。目前国产与进口五联苗的差别在于，进口五联疫苗中脊灰是野毒株（Salk株），国产为减毒驯化株（Sabin株）；进口五联疫苗百日咳组分采用单独纯化工艺，国产四联疫苗还采用共纯化工艺，目前国产五联苗色谱柱层析单独纯化的工艺已经摸索成熟，且百日咳抗原增加了一种组分。MMRV四联疫苗四种毒株不容易出现返祖现象，疫苗制备过程工艺方面没有较大的难度，核心在于四种毒株的分离和减毒培养。
一、肺炎球菌疫苗
1938、1945和1947年分别出现2价、4价和5价肺炎球菌多糖疫苗。但由于青霉素的出现，1949年这几种疫苗基本退市，到了1967年随着青霉素耐药菌的出现，关注的重点又逐渐转向利用疫苗来预防肺炎球菌的感染。1977年出现了第一个14价肺炎球菌多糖疫苗（默沙东），1983年又被23价肺炎球菌多糖疫苗（默沙东，23-valent pneumococcal polysaccharide vaccine，PPV23）替代。
根据《The Lancent Infectious Diseases》2003年的回顾性分析，23价多糖疫苗在美国成人中的有效保护率为47%-67%，在65岁以上人群中的有效保护率为61%-75%；给予一剂3年后保护率下降为原来的80%，5年后保护率下降为原来的58%。PPV23虽然在老年人中的保护率不高，但是保护效果存在持续性。Daniel M. Musher观察了143例接种了一剂或两剂PPV23的老年人十年后免疫保护效果的持续性，8种主要血清型中有7种在10年后的IgG抗体滴度水平仍高于初始水平，说明存在持续的保护作用，在安全性方面注射第一剂或第二剂10年后没有出现严重不良反应或死亡。由于23价多糖疫苗对婴幼儿和免疫能力低下者的保护率较低，因此美国ACIP委员会只推荐PPV23在2岁以上的人群中使用，且建议对于侵袭性肺炎球菌（IP）感染风险增加的人群5年后接种第二剂PPV23。
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