90、如何分析给定蛋白质序列代谢途径？（韦缘） 91、DNA序列比较的根本任务是什么？（曾华贺） 92、什么是基因识别？（曾华贺）
93、为什么要进行蛋白质结构预测？（曾华贺）
94、蛋白质二级结构预测的主要策略和方法？（曾华贺） 95、如何分析密码子的偏好性？（陆雁） 96、如何识别和屏蔽重复序列？（陆雁）
97、鉴定一个蛋白质要从哪几个理化性质进行分析？（吴秋菊） 98、如何查找连续的mRNA。cDNA。蛋白序列？（陈国利） 99、怎样观察蛋白质中突变位点的3D结构？（曹启龙） 100、怎样观察一个蛋白质的3D结构？（曹启龙） 101、怎样对比分析两个或多个蛋白质的结构？（曹启龙）
102、什么是CDTree? （曹启龙）
103、如何观察这个蛋白质的三维结构，及cn3D的应用？（赵建宇）
104、如何寻找一个蛋白质的家族及其保守序列？（赵建宇）
105、如何利用NCBI查询板栗疫病菌的核糖体蛋白相关基因，查到其相关基因后如何看其与其他真菌核糖体蛋白基因的相似性及保守性？（范素华）
106、同源建模是什么？（黄坚丽）如果没有同源建模，怎么预测一个蛋白质的三级结构？
（周辉） 107、在KEGG中，怎么由已知的几种很少的中间代谢物推测出可能的代谢途径？（宋张杨） 108、如果我研究的菌的代谢途径以前没有人做过，该怎么利用KEGG分析该菌的代谢途径？（宋张杨）
109、蛋白质功能预测的发展方向是什么？（蔡琦）
110、如何获取蛋白质序列信息？请以PIR为例进行蛋白质序列检索。（蔡琦） 111、核酸序列预测与鉴定的步骤及注意得问题有哪些？（蔡琦）
112、代谢途径方面，具体对于某一个物种，它可能拥有自己特异的代谢途径，我们如何才
能找到特异的代谢途径，用不同的代谢途径分析软件所得出的代谢形式也不相同，我们如何去取舍？（刘三）
113、分析基因代谢途径的工具主要有哪些？如何使用KEGG分析基因的代谢途径？（田会
会） 114、蛋白质鉴定的工具有哪些？蛋白质二级结构,三级结构预测方法有哪些及网站有哪些?
（田会会） 115、怎样将某个物种的蛋白质序列用gene ontology注释？（汪小波周敏） 116、结构域，模体，折叠子，二级结构的区别？（张水龙） 117、一些蛋白质相互作用的网站。（张水龙）
118、什么是InterProScan？有什么特点和作用？（陈琦） 119、profile的原理是什么？有什么优势？（陈琦） 120、motif和pattern之间有什么联系？（陈琦）
四、生物数据相似性搜索（Sequence alignment）
1、 何谓序列比对？简述序列比对的原理。 2、 序列比对的进化基础有哪些？
3、 相似性、一致性、同源性分别是什么，有什么区别？（赵高超） 4、 序列比对的记分规则如何？ 5、 何谓取代矩阵？有哪些类型？
6、 什么叫空位罚分？有没有理论依据？
7、 比对的统计学显著性是如何确定的？统计学意义如何？
8、 反向测序结果可以直接放到NCBI中的BLAST 进行比对吗？NCBI中是否存在DNA的
两条链？（薛番艳） 9、 BLAST原理是什么？（吴兰兰）BLAST功能的作用是什么？如何进BLAST？（陈承晓） 10、如何看BLAST结果中的E值？（覃振萍）
11、什么是多序列比对？常用工具有哪些？多序列比对的意义？（覃振萍）
12、在DNA-STAR 的EditSeq中进行 BLAST时，显示Line４４of the search report contains
unexpected input ，不知道是什么原因（吴帆）
13、关于BLAST涉及的几个算法的内容？（梁照东李磊） 14、不同的打分矩阵是会出现不同的结果的，如何去对待这些不同的结果以及这是否将影响我们最终的结论呢？（梁照东李磊）
15、Primer-BLAST的大体使用方法？（梁照东李磊）
16、如何进行本地的BLAST的下载及安装? （梁照东李磊）
17、PHI-BLAST是什么意思？PSI-BLAST是什么意思？BLASTp是什么意思？（梁照东李
磊） 18、BLAST主要分几种？各在什么情况下使用？（牛祥娜）
19、如何用电子邮件的形式进行BLAST的查询？（梁照东李磊）
20、NCBI进行比对分析时，Mask for lookup table only有什么具体的涵义？Low complexity
regions有什么具体的涵义？Mask lower case letters有什么具体的涵义？Species-specific repeats有什么具体的涵义？（梁照东李磊）
21、详细一点讲述一下BLAST结果的数据结构是怎样的？（梁照东李磊） 22、如何进行BLAST的双重比对？（梁照东李磊）
23、在BLAST时，如何将测序结果进行去载体比对？（杨丽超） 24、如何对核酸序列进行BLAST？（韦缘）
25、用BLAST验证引物特异性时，主要看哪些指标？（吴三民）
26、BLAST中，E值和P值分别是什么，它们有什么意义？（吴三民）
27、从NCBI的EST数据库查询得到K067G11 Cassava root 210-day-old plants cDNA library
Manihot esculentacDNA,mRNA sequence。其中的K067G11是指什么？（吴三民） 28、BLAST的全称是什么，NCBI的BLAST包含几个程序，分别在什么情况下使用？（丁
猛） 29、多重比对与双重比对有什么异同，最常用的多重比对工具是什么，它有哪些输出文档，
分别有什么进一步用途？（丁猛） 30、怎样用 NCBI/BLAST 做蛋白质同源性分析？（赵建宇）
31、ncbi中BLAST时蛋白序列比对和核酸序列比对的结果有什么不同？（赵建宇）
32、利用NCBI的GeneBank查找某个基因，自己设计引物，并进行PCR扩增后拿PCR的
扩增结果进行测序，在WORD中比较测序结果与查找的基因序列完全一样，可是在NCBI的BLAST中却没有结果，可能的原因有哪些？（范素华）
33、如果一个基因是从mRNA反转录出来的cDNA中做RACE扩增出来的，进行测序后，
在NCBI上BLASTX后，query序列翻译后的氨基酸序列中有一小段是用小写字母显示的，但是检索到的相似蛋白序列中同一区域的氨基酸序列是大写的，请问这是什么意
思？（范素华）
34、蛋白质比对和基因比对有何不同？（吴小建） 35、用NCBI进行引物比对的具体方法? （陈国利）
五、本机软件篇（Local biological software）
1、 生物学常用的本地软件有哪些？
2、 引物为17个碱基来做PCR行吗？有没有效果？（刘兴艳张建玲） 3、 引物设计中mer是什么意思？（刘兴艳张建玲）
4、 做RT-PCR引物设计，需要根据物种密码子的偏好性来设计引物，请问哪里有物种密码
子偏好数据库下载？（刘兴艳张建玲）
5、 使用NTI寻找某序列的酶切位点时，有时不能显示其所有的酶切位点，该如何操作才能达到全部显示?（薛番艳）
6、 NTI中模拟琼脂糖电泳，或者聚丙烯酰胺胶等是怎么回事，是验证我们设计的引物吗？如何导入模板？（薛番艳）
7、 引物的好坏凭什么判断？大小还是Tm值？又或者其他的？（吴兰兰）
8、 Primer-BLAST与其他引物设计工具的优劣势比较。（吴兰兰）
9、 设计出只扩增某一特定剪接体变异体基因的特异性产物是什么意思？如何设计？（吴兰
兰） 10、怎样验证引物可用性？（梁照东李磊）
11、如何用oligo设计基因敲除的引物？（梁照东李磊） 12、设计引物的一般原则是什么？（牛祥娜） 13、设计引物的一般过程是什么？（牛祥娜） 14、Vector NTI 10.0 的常用安装方法。（梁照东李磊） 15、如何使用Vector NTI中的GenomBench组件？（廖舟翔） 16、怎样设计平末端连接目的片段引物？（黄明慧） 17、请问NCBI的Primer-BLAST怎么用？（陈国利）
18、18如何通过Primer-BLAST检测所设计引物的可用性？（密克） 19、19如何使用Vector NTI进行引物的设计？（林琼珊） 20、20在Vector NTI中怎样根据实验要求设定引物设计的相关参数？（林琼珊） 21、21用Vector NTI设计好的引物有哪些保存途径？（林琼珊） 22、22怎样对设计好的引物进行分析和编辑？（林琼珊）
23、23引物的发夹环和二聚体结构对PCR有何影响？（林琼珊） 24、24在Vector NTI的引物设计中，Find PCR Primers和其他各种引物设计的方法（如Amplify SelectionAmplify Features等）有什么区别？（林琼珊） 25、25在Vector NTI中，如何进行序列拼接？（林琼珊）
26、26哪种格式的文件可以直接载入Vector NTI中进行序列拼接？（林琼珊）
27、27在Vector NTI中，对于已经载入的abi格式的序列，如何观看其定序的讯号情况？（林
琼珊） 28、28在Vector NTI中，如何单独查看每个碱基的讯号强度？（林琼珊） 29、29在Vector NTI中，如何放大或缩小查看某一段序列讯号？（林琼珊）
30、30在Vector NTI中，怎样判断讯号干扰？（林琼珊） 31、31在Vector NTI中，修改重叠区域的讯号有哪些方法？（林琼珊） 32、32在Vector NTI中，如何将某一段序列进行粘贴取代？取代后的讯号图谱有什么变化？
（林琼珊）
33、33在Vector NTI中，对于已经拼接好的序列，如何寻找其Open Reading Fragments？（林
琼珊） 34、34（在Vector NTI中）如何对序列进行转译？（林琼珊） 35、35在Vector NTI中，怎样将拼接好的序列进行输出保存？（林琼珊） 36、36在Vector NTI中，怎样将拼接的整个操作过程进行保存便于下次直接使用？（林琼
珊） 37、37在Vector NTI中，如果对拼接效果不满意，如何取消拼接？（林琼珊） 38、38在引物设计时，保护碱基的加入有什么原则和注意事项？（宋张杨） 39、39怎样在PCR产物中引入酶切位点？（梁伟）
40、40如何在NTI观看蛋白质中特定序列的三维结构并将结构输出？（熊伍平） 41、（二）作图软件
42、1质粒作图时箭头的方向怎么确定？（刘兴艳张建玲） 43、2质粒绘图的常用软件及用法。（梁照东李磊）
44、3VAST功能的作用是什么？如何进行VAST？（陈承晓） 45、使用VecScreen测定载体序列污染时，能不能选定特定的载体，怎么选定？（薛番艳） 46、2在使用SNP时，如果输入的是细菌序列，该选择那个数据库？（薛番艳） 47、3如何转换出一条DNA 单链的互补链？有哪些软件可以实现？（薛番艳） 48、4Seq序列如何转化为Fasta格式？（覃振萍）
49、5如何判定序列中载体是否受到污染？（陆雁）
50、6如何利用Map viewer 查找基因序列mRNA 序列？（范素华）
51、7利用Map viewer 查找基因序列最大的特点是什么？（范素华）
52、8利用Map viewer 查找基因序列mRNA 序列时，在Sequence Format（序列输出格式）
的下拉式选择菜单中，选择FASTA 格式和选择GenBank格式有什么不同？（范素华） 53、9在Antheprot 6.0中，如何输入正确的蛋白质序列进行序列编辑分析？（黄坚丽） 54、10Antheprot程序中可以分析显示蛋白质的六种理化特性，它们分别是？（黄坚丽） 55、11Antheprot程序可采取哪些方法对蛋白质二级结构进行预测？（黄坚丽） 56、12怎样实现序列格式之间的转化？（熊伍平）
57、实现基因调控网络用什么工具比较好，MatlabC++还是Java？（刘兴艳张建玲） 58、trace archives是用来做什么的？（刘兴艳张建玲）
59、如何安装一些基本生物信息学软件（举例说明）？（韦缘） 60、什么是VAST？VAST的主要功能包括哪些？（曹启龙） 61、怎么利用VAST查找一个蛋白质？（曹启龙） 62、怎样理解VAST中的图解？（曹启龙）
63、Domains & Structures包含哪几大版块？（曹启龙） 64、怎样利用下载和利用Cn3D？（曹启龙） 65、SeqVerter有几大功能？（刘筱梦）
66、在使用SeqVerter中，出现输入序列的格式错误该如何解决？（刘筱梦） 67、如何（使用SeqVerter）将多个序列文件合并？（刘筱梦）
68、目前生物信息学开发的软件有很多种，例如，关于启动子预测，蛋白质的三级结构的预
测，就有很多的应用软件，所以就很有必要知道具体哪个软件的可信度有多高，或者是
一个软件预测有，而另一个软件预测没有，到底我们相信它有，还是没有？（刘三）
69、本地BLAST，用“-m”命令转换不同格式的输出结果，输出在文本文档中的每一项数据
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