表示什么？（吴帆）
70、本地BLAST处理大批量数据比对后，生成的结果是TXT格式文件。除了复制粘贴，
怎样一次性地把TXT格式的比对结果放到Excel中以便分析？（吴帆）
71、一段核苷酸序列，做完format以后，再去比对，原来序列中的N被随机替换为了A或
T，请问是什么原因，是不是要设置什么参数才不会发生替换呢？（吴帆） 72、BLAST本地化后，对于自定义数据库，BLAST html结果中，如何加上自己定义的链接
地址？（吴帆）
六、系统发育与分子进化
1、 什么是系统发生？
2、 分子进化的中性进化是什么？
3、 什么叫分子钟？
4、 什么是进化树，常用构建进化树的模型有哪些，包括哪些基本步骤？适用于什么样的情况？
5、 基因树和物种树的概念是什么？两者是什么关系？
6、 建立进化树的时候是用全长cDNA还是只用开放阅读框？
7、 我用了spss软件对数据做了聚类分析，得到的树状结构没有置信度。现在需要置信度，
所以希望通过距离矩阵在MEGA里来构具有置信度的ＮＪ树，请问怎么导入距离矩阵表进入MEGA构树？
8、 phylip能否用自动批处理程序来直接串联运行整个建树过程？ 9、 如何做一个假单胞菌属的系统发育树？
10、构建进化树的算法有哪些？各有什么异同？ 11、Clustal 做多重比对的原理及用法？
12、MEGA4.0如何设置树的距离长度参数？ 13、进化树上的数字表示什么？
14、怎样处理序列才能是序列都符合建树要求？
15、MEGA4的进化树怎么看？
16、怎么用MEGA4软件统计碱基转换和颠换数？
17、怎么做成那种左下角是遗传距离，右上角是转换/颠换数的表格？（丰丙政）
18、用MEGA4做进化树打开的文件是什么格式的，怎么得到这些格式的文件？（丰丙政） 19、Mega4和phlip建树有什么区别？（丰丙政） 20、如何用Mega4进行序列比对？（丰丙政） 21、treeview有几个功能？（蒋中伟黄萍） 22、clutalX的颜色代表什么？（蒋中伟黄萍）
23、clutalX的比对结果如何分析？（蒋中伟黄萍）
24、clutalX的文件输入的格式，文件输出的格式？（蒋中伟黄萍） 25、构建进化树的算法主要分为哪两类？（蒋中伟黄萍） 26、clutalX和clutalW有什么区别？（蒋中伟黄萍）
27、什么是有根树和无根树？其构建过程有何不同？（牛祥娜吴小建）
28、可以构建系统进化树的条件是什么？对序列有和要求？（牛祥娜吴小建）
29、在测序回来的片段中如何确定是否含有载体序列？（吴小建）
30、用MEGA构建进化树会得到2个不同的树，Original tree和Bootstrap consensus tree,请
问应该选择哪个树？（赵高超）
31、进化树分支上显示的数字Branch lengths表示什么，该数字采用什么为单位？（赵高超） 32、进化树分支节点上的数字表示什么？（赵高超） 33、我有一个序列，用该序列BLAST得到的一致性99%的若干个相似序列一起构建的进化
树结果分支节点上的Bootstrap值很低,请问如何解决？（赵高超）
34、相同的一组序列用不同的软件，但是采用同样的算法和模型，得到的进化树差异很大，请问如何选择？（赵高超）
35、连接T载体测序得到的序列，构建进化树有时会得到奇怪的结果（该序列与其相似序
列进化距离很大，与BLAST结果矛盾），请问如何解决？（赵高超）
七、算法
1、 什么是隐马尔科夫模型(HMM)? （陈琦）
2、 什么是空位罚分？如何设置空位罚分？（陈琦）
3、 什么是矩阵（Matrix）?不同的矩阵之间有什么联系？是否存在最合适矩阵，如何选择？（陈琦）
4、 序列比对中常见的打分系统有哪些？（吴秋菊）
5、 什么是序列比对中使用的PAM矩阵和BLOSUM矩阵，它们的作用是什么，一般BLAST
选择使用的矩阵是什么（丁猛）
八、综合分析
1、 如何分析DNA测序数据？
2、 如何对一段DNA进行基因注释？ 3、 原核生物基因组注释的工具有哪些？
4、 蛋白质理化性质包含哪些？如何快速计算一段蛋白质序列的理化性质？
5、 基因注释，一个基因组上具有相同生物学的基因有很多，例如转氨酶，脱羧酶有很多，
只是具体功能不一样，但是我们所需要的一个基因没有，是不是基因注释出来问题或者基因组没有相关的基因。或者从有报道具有相关的功能的基因进行BLAST，比对的分值高的是不是就是我们所要的？（刘三）
6、 如何查找家蚕plk基因的调控区序列，基因结构？（刘兴艳张建玲）
7、 我有很多序列但很多都是冗余序列，请问去冗余序列软件都有哪些呢？（刘兴艳张建玲） 8、 在确定一种拟南芥蛋白质在细胞内的具体位置时，需要用到RT-PCR去分离这种蛋白质
的cDNA，在引物设计时要用到GFP来标记融合蛋白，应该选择在植物体的哪个组织或器官来进行cDNA的分离？选择哪一种表达载体来构建GFP融合蛋白的依据是什么？（刘兴艳张建玲）
9、 如何检测保守序列的负选择位点？（刘兴艳张建玲）
10、在GENBANK中查到序列号为AY186045（Lactobacillus murinus）AF157049（Lactobacillus murinus）的2个菌，这2个菌之间是什么关系？（刘兴艳张建玲） 11、如何寻找某个蛋白（在很多物种中都存在）的基因序列，例如氯霉素基因，卡那霉素基因等抗生素基因？（薛番艳）
12、蛋白质可能存在的修饰有哪几种，如何预测？
13、国内哪些高校或研究机构生物信息学做得比较好？（梁伟）
14、做细菌基因组学研究对计算机的配置和网络有哪些基本要求？（梁伟）
15、如何检索出一篇想要的中文或者外文文献？（熊伍平）如何高效地进行文献检索？（吴
小建）
16、查询下载文献，如果图书馆没有购买资源的时候，我们该怎么办？还有对于最新文献我
们如何快速拿到新的论文。（刘三） 17、EntreZ 的内容和特点？（田会会）
18、什么是CpG 岛？设计引物时又没有特殊要求?原核生物富含GC区的地方，该如何理解？（田会会）
19、我们可以用生物信息学做什么？（汪小波、周敏） 20、文献有哪些形式？如何获得？（汪小波、周敏） 21、外文文献检索的一些标识符的意义？（张水龙）
九、计算机知识
1、 什么是计算机网络?它主要功能有哪些?
2、 计算机网络按其覆盖范围的不同通常分为哪几类?各类的特点是什么? 3、 计算机网络的拓扑结构主要有哪些?
4、 什么是网络协议?常用的网络协议有哪些? 5、 什么是TCP／IP?
6、 针对TCP／IP安全设计缺陷的攻击有哪些? 7、 什么是MAC地址? 8、 什么是IP地址? 9、 什么是域名?
10、什么是域名服务(DNS)? 11、什么是WWW服务? 12、什么是超级链接? 13、什么是HTML语言?
14、什么是文件传输(FTP)服务? 15、什么是电子邮件(E-mail)服务? 16、什么是远程登录(Telnet)服务? 17、什么是电子布告栏(BBS)服务? 18、什么是因特网? 19、什么是端口号?
20、常用端口号有哪些?
21、什么是Cookies?
22、后缀为DLL的文件是什么文件? 23、什么是进程?
24、什么是计算机安全?其特性是什么? 25、国际通用的计算机安全标准是什么? 26、我国的计算机安全标准是怎样划分的? 27、什么是计算机网络安全?
28、计算机网络安全特性包括哪些方面?
29、对计算机网络安全的威胁主要来自哪些方面? 30、常用的网络安全机制有哪些?
31、常用的网络安全防范手段有哪些? 32、什么是加密技术?
33、网络传输加密方法有哪些? 34、什么是链路加密?
35、什么是节点对节点加密? 36、什么是端对端加密?
37、网络存储加密方法有哪些?
38、网络身份认证方法有哪些?
39、什么是防火墙?它是如何确保网络安全的? 40、防火墙可分为哪几类? 41、防火墙有哪些局限性? 42、网络防火墙有什么功能?
43、如何在个人计算机上正确配置网络防火墙? 44、选择防火墙应遵循的原则是什么? 45、什么是VPN?
46、Web服务器记录用户的哪些信息? 47、什么是无线局域网(WLAN)技术?
48、无线网络存在的安全问题主要有哪些? 49、什么是访问控制?
50、访问控制方法有哪些? 51、什么是蓝牙技术?
52、怎样使用ping命令?
53、为什么有时u盘无法双击打开? 54、如何清除Cookies?
55、如何关掉笔记本上多余的接口? 56、如何关闭计算机网络端口? 57、如何紧急恢复受损的系统?
58、如何解决DLL文件丢失的问题?
59、硬盘主引导区有什么作用?如何备份硬盘分区表? 60、怎样清除计算机中存在的默认共享? 61、如何删除硬盘上的怪文件?
62、怎样禁止其他人对桌面进行任意设置? 63、如何保护电子邮件安全? 64、上网记录有哪些?如何清除? 65、怎样避免感染u盘(闪盘)病毒? 66、怎样清除U盘病毒?
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