File-open-切齐序列.txt-accessory appliacation-clustal multiple aligment-file-expore-sequence aligment-选paup/nenu命名.nex-保存
2、在.nex中加命令模板
; end; begin paup; log file=coimp; set maxtrees=1000; set criterion=parsimony;
hsearch addseq=random nreps=1000; showtrees;
describetrees 1/plot=phylogram brlens=yes; savetrees file=coi(mp).tre root=yes brlens=yes; contree all/file=coi.tre;
pscore all/CI=yes RI=yes RC=yes; bootstrap
nreps=1000
search=heuristic/addseq=random nreps=100;
savetrees file=coi(mpb).tre root=yes; END;
2、打开paup-打开1.nex-open –开始跑树 3、用treeview 打开.tree树。
keepall=yes
MrBays建树
1、
用bioedit将.txt文件比对转换成.nex文件格式
方法：打开BioEdit，将.txt文件打开-Accessory application-clustal multiple alignment-File-export-sequence Aligment-选paup/nex命令.nex-保存-把.nex begin 前面的都删除。
File-open-切齐序列.txt-accessory appliacation-clustal multiple aligment-file-expore-sequence aligment-选paup/nenu命名.nex-保存 2、 3、
用paup运行.nex文件
接着继续用paup打开modeltest3.7 文件夹中的model
paupblock命令-运行结束后，在modeltest 的modelfolder中生成一文件名为”model.scores”文件。 4、
运行modeltest批处理文件，生成一文件名为”mt.txt”文件，
则为最适合的模型文件 5、
将最适模型文件中的参数(hLRTs)拷贝到.nex文件后，加入
贝叶斯运行命令，并改正.ne格式等。删除前后没用的，改正外群名字等。只能用一个外群。
begin mrbayes;
log start filename=coibayes.log; outgroup Cinara;
Prset statefreqpr=dirichlet(0.3321,0.1058,0.1271,0.435); Lset nst=6 rates=gamma;
mcmc ngen=1000000 printfreq=100 nchains=4 savebrlens=yes startingtree=random; end; 6、
将加好命令的.nex文件拷贝到MrBayes文件夹所在路径内，运
行人头的MrBayes , 输入execute. 文件名.net,回车。 7、 8、
输入 sump burnin=1000回车 输入 sumt burnin=1000回车
9、运算完毕后点击close 弹出一对话框，输入命令语句“ save
tree file＝文件名.tre；”回车。
菜单栏Tree中的Show internal edge labels 即可显示各结点
的bootstrap值。
9、
生成的.con，用treeview打开
注意：贝叶斯树只能用一个外群。建设一个新文件夹，将.scores、mt.txt、txt、nex文件都放到一个文件夹内。
ML建树
方法同MrBays相似。预测模型利用贝叶斯得到的模型。 把ML命令模板拷贝到.nex，把log file改成自己的名(=coiML)，外群也改(Daktulosphaira_vitifoliae Cinara_edulis C_arizonica);-把最适模型lset base---likhood下面savetree file=coi savetrees file=coin(mb)
Lset Base=(0.3365 0.0976 0.1280) Nst=6 Rmat=(26794342.0000
8028280.5000 10365153.0000 1.4084 255543472.0000) Rates=equal Pinvar=0.7355;–生成的.nex.con文件-treeview打开。
注意：外群要写成Cinara_edulis形式，可以有多个外群。打开方式和mp树一致。
戴传银笔记 PAUP NJ tree begin paup;
outgroup outgroupname; setcriterion=distance;
bootstrap search=nj nreps=1000 keepall; savetrees file=nj.tre; end;
PAUP MP TREE begin paup;
outgroup outgroupname; setcriterion=parsimony;
hsearch addseq=simple(random) bootstrap nreps=1000; describetrees 1/plot=phylogram brlens=yes; savetrees from=1 to=1000; end;
PAUP ML TREE begin paup;
outgroup outgroupname; setcriterion=likelihood;
gettrees file=xxx.tre;(xxx modeltest文件保存的树的名称) hsearch addseq=asis bootstrap nreps=1000; savetrees file=ml.tre; end;
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