然科学为基础。同样，理科各学科都与哲学有关，自然哲学，尤为自然科学的归纳。而且，由于学科之间的彼此交错，有些学科简直无法以文、理科来区分。因此，他主张沟通文理，和为一科。1919年，北大进行改革，撤销文、理、法三科界限。全校设立14个系，废学长，设系主任。
4． 教学制度——选科制
与沟通文理思想相连系 ，在教学制度上，蔡元培主张采用选科制，他认为这种制度使学生于专精之余，能够旁设种种有关系的学科，有利于打破学生“专己守残之偏见”，扩大知识面。有利于学生个性的自由发展。
对于实行选科制，蔡元培认为必须加强指导，为防止学生纯粹从兴趣出发，忽视对基本理论，基本知识的学习，他强调学生所选的学科必须经教员审定，学生只有相对的选择，无绝对的选择，除必修课以外的学科，才有选择权。同时，他还指出，选科制只能行之于高等以上学校，普通教育只可采用选科精神，而不能行选科制。
5．行政管理——教授治校
实行教授治校，这是蔡元培关于大学行政管理的基本思想。他主张教授治校，是为了建立民主的管理体制，防止校长主观专断，任意办事，这是他民主思想的反映。更主要的是为了依靠真正懂得教育和学术的专家来管理学校。由此可见，民主精神和依靠专家，这是蔡元培教授治校主张的两根支柱，教授是学校教学与科研的主力，他们既懂得教育又有学问，蔡元培依靠他们来管理学校，这不仅彻底扭转了旧北大一切校务有校长等少数几个人决定的状况，而且大大调动了教授们的积极性和创造性，出现了民主办校的生动局面。
综上所述，蔡元培大学教育思想的基本特征是民主和科学，目的是要把大学办成高水平的教学科研中心，他不仅为中国近现代资产阶级大学教育理论的形成打下了坚实的基础，而且，其中许多真知灼见，如重视大学开展科学研究工作，提倡“思想自由，兼容并包”，注重发展学生个性，主张“沟通文理”，以及“依靠既懂得教育，又有学问的专家实行民主治校”等等，至今对于我们办好社会主义大学，仍有一定意义。
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