系统自动完成“确认”操作后，可以在电子申报客户端中点击“收取回执”取得“海关完税凭证稽核结果通知书”，只有在取得“通知书”后，纳税人才可以按照通知书载明的稽核相符海关缴款书份数和税额在增值税申报表附表二第5行中申报抵扣增值税进项。
注意：申报海关缴款书进项时不再需要附加“通用税务数据采集软件”采集的海关票采集XML文件。
六、稽核比对结果非“相符”的处理方法
海关稽核结果共有五种，分别为“相符”、“不符”、“滞留”、“缺联”、“重号”，根据稽核结果的不同，纳税人需要采取不同的做法。
（一）相符，是指纳税人申请稽核的海关缴款书，其号码与海关已核销的海关缴款书号码一致，并且比对的相关数据也相同。纳税人可以在“确认”并收取海关稽核结果通知书后，申报抵扣相应的增值税进项税额。
（二）不符，是指纳税人申请稽核的海关缴款书，其号码与海关已核销的海关缴款书号码一致，但比对的相关数据有一项或多项不同。纳税人应当在取得“不符”结果后，核对海关缴款书原件与采集信息是否一致。对于经确认录入错误的，可以简单地重新采集上报正确的数据；也可以与管理所税收管理员联系，持海关缴款书原件前往办理“数据核对”，一般建议采取前一种处理方法，较为简便。如海关缴款书原件与录入数据核实无误的，
可以与管理所税收管理员联系，持海关缴款书原件和报关单等相关资料前往管理所，由税收管理员协助核实情况查找原因。
（三）滞留，是指纳税人申请稽核的海关缴款书，在规定的稽核期内系统中暂无相对应的已核销海关缴款书号码，留待下期继续比对。纳税人确认采集无误的，不需要做任何处理，等待后续稽核结果即可。
（四）缺联，是指纳税人申请稽核的海关缴款书，在规定的稽核期结束时系统中仍无相对应的已核销海关缴款书号码。纳税人应当在取得“缺联”结果后，核对海关缴款书原件与采集信息是否一致。对于经确认属于海关缴款书号码录入错误的，可以简单地重新采集上报正确的数据；如海关缴款书原件与录入数据核实无误的，可以与管理所税收管理员联系，持海关缴款书原件和报关单等相关资料前往管理所，由税收管理员协助核实情况查找原因。
（五）重号，是指两个或两个以上的纳税人申请稽核同一份海关缴款书，并且比对的相关数据与已核销海关缴款书数据相同。纳税人需要确认所取得的海关缴款书是否确实由海关开具给本公司，对于双抬头（有两个纳税人名称）的海关缴款书，出现此情况可能是由票面上的另一方采集抵扣税款造成。如确认海关缴款书本身不存在问题，可以与管理所税收管理员联系，持海关缴款书原件和报关单等相关资料前往管理所，由税收管理员协助核实情况查找原因，并做进一步处理。
七、未开通电子申报的纳税人的操作
未开通电子申报的纳税人建议办理CA证书后开通电子申报，确因特殊情况需要前往办税大厅办理的，应当预先使用“通用税务数据采集软件”将海关缴款书信息录入采集（注意所属期应为采集当月而非前一月份），将XML文件拷至U盘等存储设备中，同时携相关海关缴款书原件前往办税大厅。
办税大厅工作人员核对原件和采集数据无误后将采集数据导入稽核系统。
次月申报期内，纳税人应前往办税大厅，由办税大厅工作人员在稽核系统中下载打印“海关稽核结果通知书”，按照通知书载明的稽核相符海关缴款书份数和税额在增值税申报表附表二第5行中申报抵扣增值税进项。如有相关异常情况的，同第（六）点所属处理即可。
以上就是纳税人端的操作要求和需要注意的要点，纳税人如对数据采集和后续确认、抵扣等操作有疑问的，可与税收管理员取得联系或致电12366税务咨询热线；如对于电子申报软件客户端程序的操作使用有疑问的可致电上海博天信息有限公司技术支持热线：32079696。
附：常见问题解答
上海市松江区国家税务局 二〇一三年七月十六日
常见问题解答
问：这个操作指南和我有什么关系？
答：如果贵公司不属于一般纳税人，或虽然属于一般纳税人，但是没有海关进口增值税专用缴款书进项抵扣，您可以仅作了解，日常申报中不会有任何变化。
如果贵公司需要申报抵扣海关进口增值税专用缴款书进项，就需要按照操作指南的要求改变原有采集申报的流程。
问：我要怎么采集数据？和以前有变化吗？
答：您可以像以前一样，通过“通用税务数据采集软件”采集并导出XML文件，然后在电子申报客户端软件的“海关完税抵扣清单”模块中导入；也可以直接按照原有的采集规范要求，在“海关完税抵扣清单”模块中直接录入数据，我们建议您使用“海关完税抵扣清单”模块直接填报，它严格按照海关票数据采集规范对录入内容进行限制，可以避免您采集错误的数据。
问：我采集的数据要什么时候报？
答：类似于认证增值税发票，您应当在月底前采集和发送数据，并于次月申报期内申报抵扣经稽核相符的海关缴款书对应进项税额，不能像以前那样在次月申报期申报进项时附加采集文件。
问：什么是“确认”？为什么要“确认”？
答：“确认”是对稽核相符的海关缴款书进行的一种操作，表示纳税人已经知道相应的海关缴款书稽核相符，并同意在“确认”的当月申报期进行申报抵扣，如未在“确认”后申报抵扣，表示纳税人因政策规定或其他原因，放弃抵扣相应进项税额。
需要注意的是，“确认”操作并非只能由纳税人主动触发，每月的申报期结束前第2天（以一般申报期截止至15日为例，申报期结束前第2天即13日），税务端系统将自动进行“确认”，您即使没有自行“确认”，也应当在申报期结束前1天或申报期结当天下载“稽核结果通知书”，及时申报抵扣相应增值税进项，否则将视为放弃抵扣相应进项税额。
问：我收到的稽核结果显示“缺联”、“滞留”、“不符”、“重号”，怎么办？我该怎么做才能抵扣税款？
答：请详细阅读操作指南第六大点。
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