lammps输入文件命令中文详解

过程中被忽略, 你可以用它来写注释.

(3) $ 是跟声明变量有关系的, 我暂时还没用到过, 具体请参阅variable命令的详细介绍.

(4) 命令行被tabs, spaces间隔成各个“words”, 注意这里的“words”可以包含字母、数字、下划线、或标点符号.

(5) 一行中第一个词是命令名, 后续的词是相关的参数.

(6) 双引号内的文字空格被整体地当作一个参数, 其中的 # 或 $ 就没有前面说的作用了.

1.3 Input script structure

lammps的输入文件一般分为4个部分Initialization, Atom definition, Settings, Run a simulation

后面的两个部分可以按照需要多次重复. Remember that almost all the commands need only be used if a non-default value is desired.

(1) Initialization

在你的模拟体系定义之前, 一些参数必须要被设置. 相关的命令有:units, dimension, newton, processors, boundary, atom_style, atom_modify.

units: 选择单位系统, lammps提供了lj、real、metal三种单位系统

dimension: 2d模拟还是3d模拟, 默认是3d

boundary: 边界条件：周期性边界or自由边界

atom_style: 定义你的模拟体系中的原子属性, 注意这个style要区分后面设置力场参数时命令里提到的atom type

还有, 这些命令告诉lammps在你的模拟中使用何种力场: pair_style, bond_style, angle_style,

dihedral_style, improper_style.

(2) Atom definition

lammps提供3种方式定义原子:

① 通过read_data或read_restart命令从data或restart文件读入, 这些文件可以包含分子拓扑结构信息.

② 按照晶格的方式创建原子(不包含分子拓扑信息), 你会用到这几个命令: lattice, region, create_box, create_atoms.

③ 已经设置好的原子可以用replicate命令