面中选定要设置的亚组名，在右边反应板孔位处选定该亚组所包含的孔位，使所选定的孔位中都出现深兰色凹陷的
，点击下方
按钮加以确认。
设置亚组可以在一块反应板上实现多个检测项目的实验，前提是这些检测项目的实验运行程序都一致（这在使用TaqMan水解探针时比较容易实现），由于各检测项目均有各自的质控对照，因而，设定亚组可以单独对各检测项目进行分析。
2．样本属性编辑
点击New Experiment界面左侧按钮设置样本信息。在“Workflow”一栏在选择实验方案：
Abs Quant：绝对定量或定性分析；Rel Quant：相对定量；Scanning：基因扫描； Color Comp：颜色补偿；Tm：熔解温度检测；Melt Geno：熔解曲线法基因分型； Endpt Geno：终点法基因分型。
在Select Samples/Subset选项中选定待编辑的样本亚组：
在界面右方编辑各样本的名称属性等：
Pos：样本在96孔板或384孔板上的座标位置；Repl Of：重复样本设置；
Sample Name：样本名称；Quantification Sample Type：定量样本类型；Concentration：浓度；Target Name：检测类型。
在进行绝对定量检测实验时，参与实验的样本有标准品（一般4至5个）、阴性对照、阳性对照、未知样本。各样本的名称可参考以上“Sample Name”中的命名习惯（STD表示标准品、NC表示阴性对照、Positive表示阳性对照、Sample表示待检测的未知样本），也可以自行编辑。
在“Quantification Sample Type”一栏内需要对各样本的类型进行明确地编辑（标准品选Standard类型、阴性对照选Negative Control类型、阳性对照选Positive Control类型、未知样本选Unknown类型），此外标准品系已知浓度的阳性样本，其设定为
Standard类型后还需在Concentration一栏中对各标准品分别设定其相应的浓度，以及在Abs Quant/Units填写框中填写相应的浓度单位，如copies、pg等。
在Target Name一栏中可以填写该检测实验所要检测的指标，如乙肝病毒、禽流感病毒、沙门氏菌等。
如在实验中需要设置重复样本的，可在Repl Of一栏中填写该样本其所重复的样本的座标号（注意，只能填写座标号，不能填写样本名）。
如进行的是多色荧光PCR检测实验，则在Select Filter Combinations一栏中选定各检测通道，分别进行样本编辑。
在进行定性检测实验时，参与实验的样本有阴性对照、阳性对照、未知样本。设置相应较简单，可参考以下设置
六．运行实验
实验程序和样本均设置完毕后，即可运行实验，具体操作：进入“New
Experiment”界面，点击左侧按钮，如反应板已经放入仪器，仪器主机正面右侧的LED灯会由桔黄色变为绿色，软件界面右下边的这时点击“Start Run”按钮，软件界面跳出一对话框提示用户给该实验文件命名，以保存实验结果。一般建设用户以时间命名，以方便日后查找实验结果，如20080816-HBV-1，20080817-AIV-2等。命名后点击确认键，仪器就开始运行了，在运行过程中可观察到温度和荧光信号的变化曲线。如进行多重荧光PCR实验，可在荧光历史“Fluorescence History”界面内上的下拉菜单中切换不同的检测通道，以分别观察其扩增情况。
在实验运行过程中，用户可以根据需要，点击“＋10 Cycles”按钮增加正在运行的程序10个循环，也可以点击“End Program”按钮终止正在运行的子程序，直接进入下一个子程序。
七．数据分析（定性和定量）
实验运行完毕后，点击界面左侧的
按钮分析数据。或者打开LightCycler480
软件，成功登录后点击右侧图标，进入Navigator导航界面，在目录树内选定之前已完成的实验文件，点击下方“Open”按钮，或双击文件名打开实验文件，点击左侧按钮，进入分析界面。
在“Create new analysis”窗口内显示了可使用的分析方法，在“Open existing analysis”窗口内显示已经进行分析的结果内容。
要进行定性和定量分析可以选择Abs Quant分析功能，其有两种分析模式，2nd Derivative Max二阶最大求导法和Fit Points点拟合法。选定分析功能类型后会跳出对话框，用户可以自行选择分析类型、选择要分析的亚组（Subset），以及命名分析结果（Name）。点击“√”按钮确认。
在Analysis界面中选择Abs Quant／2nd Derivative Max，点击“Calculate”按钮，生成Cp值，如实验中有标准品，则同时生成标准曲线，并且计算出各未知样本的浓度值。该方法在反应体系优化得比较成熟，信号噪音比较低时使用较好。
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