有时从原始荧光曲线能观察到有个别样本的曲线不正常，信号噪音比较高，则可选用Fit Points点拟合法加以人工调整。具体操作如下：
在Analysis界面中选择Abs Quant／Fit Points，在“Cycle Range”中First Cycle和Last Cycle两栏分别设置分析数据的起始和终止循环数。选定具体数据后，软件只分析该区间内的实验曲线。“Background”一栏设置荧光信号本底的区域，一般将荧光值呈S形曲线增长前趋于水平的循环区域作为背景本底区。
点击“Noise Band”按钮，上下移动红色的噪音本底线来消除个别样本由于信号噪音较高而对结果造成的影响。一般将红线置于尽可能低，但又要足以盖过阴性线和曲线不平的噪音线，与荧光信号曲线交于线性增长区。软件只分析红色噪音本底线上方的曲线数据，所以要确保其上方无曲折不平的噪音信号。
点击“Analysis”按钮，再点击“Threshold”按钮，使用显示“Auto”字样，然后点击下方按钮，生成各样本的CP值。若是定量分析，则会生成各标准曲线，以及各样本的浓度值。
点击软件右侧的图标，将分析结果保存入实验文件，或在目录树中另找保存位置。
在进行多色荧光PCR实验时，同时使用相邻两个检测通道进行检测需要通过颜色补偿功能来校正相邻通道的荧光信号干扰，详见颜色补偿一章。
八．报告生成
打开一个分析完结果的文件，或者刚分析完结果并贮存后，点击左侧工具栏中
按钮，进入结果报告的界面。可在“General”和“Detailed”两栏中选择实验报告所要包含的内容。“General”一栏中显示的选项为本次实验结果均需要显示的报告参数；“Detailed”一栏则显示本次实验多次分析中所要的报告参数的明细。点击
“Generate”按钮，生成报告预览。点击右上方“PDF”按钮可将报告保存为*.pdf文件。
报告显示所包括的内容可以保存成模板文件，同类报告要求的实验可以调用相同的报告模板。在“General”和“Detailed”两栏中选定了内容后点击下方按钮右侧的下拉箭头，点击“Save As Template”将其保存至Templates/Report Templates目录下，点击“√”按钮确认。调用报告模板时点击“Apply Template”按钮，选定模板文件，点击“√”按钮确认。
九．数据导出与导入
该软件所产生的实验数据均保存在其自带的数据库中，从Windows操作系统中无法
找到其实验数据的文件。这样可以很好地保护实验文件不被误删和窃取。如用户希望将实验结果备份保存，可以将数据从数据库中导出生成可见的文件，保存于其它电脑中或本电脑的其它目录下。同时，也可以将实验文件导入数据库查看文件内容或对文件进行分析。
导出单个实验文件的方法：打开LightCycler480软件，成功登录后点击右侧图标，进入Navigator导航界面，在目录树内选定实验文件，点击下方按钮，选择保存文件的目录位置，点击“Save”按钮将文件导出。
导出整个文件夹中所有文件的方法：打开LightCycler480软件，成功登录后点击右侧击
图标，进入Navigator导航界面，在目录树内选定要导出文件所在的文件夹，点
按钮，在“Select Folders”一栏中选定保存预导出文件的目录，点击
按钮，将所要导出的文件目录均选至右侧对话框，点击进入“Target”界面，点击“Browse”按钮选定导出的文件所要存放的目录，点击“Next”按钮进入
“Options”界面，去除不需要导出的文件前的“√”，用户也可设定导出文件的限制。点击“Next”按钮，进入“Start”界面，点击“Next”按钮，软件显示文件导出的过程和状态，完成后进入“Done”界面，显示导出文件的报告。点击“Done”按钮确认。 导入单个文件的方法：打开LightCycler480软件，成功登录后点击右侧图标，进入Navigator导航界面，在目录树内选定实验文件，点击下方“Import”按钮，选定所要导入的文件，点击“Open”按钮，即导入该文件。
导入整个文件夹中所有文件的方法：打开LightCycler480软件，成功登录后点击右侧图标，进入Navigator导航界面，在目录树内选定实验文件，点击下方“Batch Import”按钮，进入“Source”界面，点击“Add”按钮选定待导入的文件所在的文件夹，点击“Next”按钮，进入“Target”界面，选定放置导入文件的文件夹，点击
“Next”按钮进入“Start”界面，点击“Next”按钮，进入“Status”界面，开始导入文件，最后进入“Done”界面，生成导入文件报告，点击“Done”确认。
十．单点定标
同一种同一批号的试剂盒以相同的反应程序进行多轮定量检测实验时，无须每次都
做四至五个标准品来作标准曲线。第一轮检测实验成功完成后，可以将该实验产生的标准曲线保存下来，下一轮检测实验时，只需选与第一轮实验对应的一种浓度的标准品参与实验即可。在分析数据时可以调用第一轮的标准曲线进行定量。
标准曲线的保存：使用四至五个标准品以及多个未知样本进行检测实验后，分析数据，最终得到数据结果后，点击标准曲线下方“Std Curve (In run) ”右侧下拉前头
，选中 “Save as external”选项。命名标准曲线，并将其保存于Special
Data\\Std Curve文件夹下，点击“√”按钮确认。
已有标准曲线的调用：在使用单点定标的检测实验中，所选用的一个标准品仍然定义为“Standard”类型，并且其浓度在已有的标准曲线浓度范围之内。在分析数据时，一开始无标准曲线生成，点击“Standard Curve(In Run)”按钮右侧下拉箭头，选中“Std Curve(external)”选项，双击所要调用的标准曲线文件，点击“Calculate”按钮，即可调用先前实验中的标准曲线进行本次实验的定量分析。
注意：保存标准曲线文件时所采用的分析模式必须与调用标准曲线时的分析模式一致才能成功调用标准曲线。
十一．相对定量实验设计和分析
进行相对定量实验时要注意，一般而言，每个样本均做三个重复，以得到标准误的数据，进行相对定量实验时样本编辑最关键，样本编辑正确了，分析数据完全可以一键完成。
1、相似相对定量
所谓相似相对定量是指默认看家基因和靶基因这两对引物的PCR扩增效率均为2.00时进行的相对定量的算法，其主要是以Cp值的差值来推算浓度的差异。PCR手册规定，靶基因和看家基因这两对引物的PCR扩增效率差异不超过0.1的情况下，可进行相似相对定量计算，看一下某基因mRNA水平表达量变化的趋势，如果其扩增效率差异超过0.1，则不能使用相似相对定量算法（否则在很多期刊发文章时会被要求补实验或重新做定量实验）。出现这种情况时，方法一：重新设计引物，优化反应体系，使扩增效率差异小于0.1；方法二：采用准确相对定量算法，见下第2。
进行相似相对定量时，可同时设定多个靶基因跟同一个看家基因进行比较。如下图：三个样本，分别用一个看家基因Reference Gene，两个不同靶基因Target A 和Target B进行相对定量。在建立了含有所有本次实验中检测样本孔位的Subset后，点击钮，在Rel Quant相对定量界面内设置样本信息。
按
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