除去抑制物质的方法：透析培养：通过半透膜使培养液与培养基接触，培养液中的细胞不能透过半透膜，只有反应产物透过膜进入培养基溶液。在透析培养中，透析装置有两个作用。一是将生长抑制性物质透过膜排出培养罐，从而减少或排除抑制作用。二是使培养基贮罐中的营养物透过膜进入微生物培养罐，以补充其消耗。
萃取发酵：就是向发酵罐内加入难溶于水的有机溶剂，选择性地萃取抑制生长的物质，从而减轻有毒产物对发酵速率的抑制作用。这种操作方式的主要目的是获得尽量多的代谢产物，同时可减轻有毒产物对微生物生长的抑制作用，从而提高菌体浓度。这时需要选择分配系数大、对微生物毒性小的廉价溶剂。有人用这种方法对丙酮及丁醇发酵进行了研究。
过滤培养：是利用一种只能使培养液通过而不能使微生物通过的微滤膜边过滤边培养的方法。过滤的同时还必须同时流加物料。作为微滤膜可采用能够灭菌的精密陶瓷或合成高分子材料。培养液高速流过膜表面，滤液沿着与过滤膜垂直的方向通过膜流出，因此称为错流过滤。有人将这种培养方式用于乳酸菌和二裂殖茵培养的研究中。
菌体循环利用 这种方法大致过程是：待分批发酵终了将菌体与发酵液分离，收集的菌体经去杂菌等处理后返回发酵罐，再加入无菌培养基进行第二批发酵，因发酵液中菌体浓度很高，故发酵时间可大大缩短。第二批发酵终了，进行同样处理，然后再开始第三批发酵；这种技术与前面所述两种技术原理不同，但也能起到缩短发酵时间、提高设备利用率的作用。 （3）高细胞浓度培养中的问题 A，培养基流加控制与其他条件控制
培养基的流加控制分反馈控制与无反馈控制两类。反馈控制依据反馈控制参数如溶解氧、pH、呼吸商等数据变化，通过改变流加速度从外部控制。无反馈控制是根据微生物的代谢特征及生产要求制定流加曲线，井按曲线进行流加。由于高浓度细胞的积累，pH、溶解氧等都需要进行调节以满足菌体生长与产物合成的最优条件。
B，菌体分离装置的效能
在高细胞浓度连续培养中，采用的各种细胞分离设备存在一些问题。例如，用膜分离菌体时，菌体在膜表面沉积会造成膜过滤效率降低；用离心机分离菌体容易造成污染；这些问题都需要新工艺新材料来解决。
C，菌种退化
对基因工程菌来说，这一问题尤为重要。因为工程菌中的重组质粒往往不稳定，容易在传代中丢失，丢失掉重组质粒的工程菌不产生目的产物。因此，用高细胞浓度培养法培养工程菌时，还要考虑能保持质粒稳定的工艺条件。
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