[定量]
吸取DNA原液 μl,用ddH2O稀释至 ml,在紫外分光光度计上测定A260nm及A280nm,计算A260nm/A280nm比值及DNA浓度。一般以A260nm/280nm≥1.8为标准。 A260nm/A280nm若〈1.6,提示有蛋白质或酚污染,应进一步纯化。
[计算]
DNA浓度(μl/ml)=A260nm×50×稀释倍数×1/光径
*1OD值相当于50μg/ml dsDNA,40μg/ml ssDNA或RNA,2Oμg/ml寡核苷酸。
[试剂及其作用]
1.裂解液(Homogenization buffer): 10mmol/L pH8.0 Tris-HCl 1mmol/L EDTA 10mol/L NaCl
EDTA:抑制DNA酶活性
2.苯酚-氯仿(Phenol-Chloroform):是表面变性剂(有机溶剂),是非极性分子,H20是极性分子。
当蛋白质水溶液与酚或氯仿混合时,蛋白分子之间的H20分子就被酚或氯仿挤去,使蛋白失去水合状态而变性,经过离心,变性蛋白的密度比H2O密度大,因而与水相分离,沉淀在水相下面,从而与溶解在水相中的DNA分开。而酚、氯仿有机溶剂比重更大,留在最下层。
酚的变性作用大,但酚与H2O有一定程度互溶,大约10-15% 的H20溶解在酚相中,因而损失了这部分水相中的DNA。
氯仿的变性作用不如酚效果好,但氯仿与水不相互互溶,不会带走DNA,所以在抽提过程中混合使用效果最好。由于酚与氯仿是互溶的,氯仿可以带走残余的酚。
因为酚与水有一定的互溶,苯酚用水饱和的目的是使其抽提DNA过程中不致吸收样品中含有DNA的水分,减少DNA 的损失。
用Tris调节pH为8是因为DNA在此条件下比较稳定,在中性与酸性(pH5-7)条件下,RNA比DNA更容易游离到水相中;而在碱性条件下,DNA比RNA更容易游离到水相,所以可获RNA含量较少的DNA样品。 保存在冰箱中的酚容易被空气氧化而变成粉红色( ),这样酚容易降解DNA,一般不可使用。为防止酚的氧化,可加入巯基乙醇、8-羟基喹啉至终浓度0.1%,用Tris PH 8.0 水溶液饱和后的酚最好分装在棕色瓶中,上面覆盖一层Tris pH8.0缓冲液,隔绝空气,保存于-20℃冰箱中。
3.氯仿-异戊醇(Isoamyl-alcohol):能降低分子表面张力,所以能减少抽提过程中泡沫的产生,同时异戊醇有助于分相,使离心后的上层水相、中层变性蛋白质及下层有机溶剂相维持稳定。 4.冰无水乙醇(Absolute ethonal)和70%乙醇(70% Ethonal)::
? 无水乙醇优点:①极性低,可以与任何比例的H20溶液混溶;②乙醇与核酸不会引起任何化学反应,对
DNA很安全;③乙醇会夺去DNA周围的水分子,使DNA失去水而易于聚合;④冰点低,-20℃不会结冰;⑤可除去残余的氯仿。
? 低温条件下分子运动大大减少,DNA易于聚合沉淀。
? 70%乙醇洗涤可去除残余的盐离子,盐离子的存在会使之不易溶解,并可抑制酶反应。
5.TE 缓冲液 (TE Buffer): 10mmol/L pH8.0 Tris-HCl 1mmol/L EDTA
? 缓冲对Tris-HCl不存在金属离子的干扰作用(如转化试验中Ca++) ? EDTA能稳定 DNA的活性。
6.20%SDS(十二烷基磺酸钠):是离子型表面活性剂,主要功能:①溶解细胞膜蛋白而破坏细胞膜;②解聚细胞中的核蛋白;③与核蛋白形成复合物
7.10mg/ml蛋白酶K(Protase K):分解蛋白质,破坏细胞膜
8.10mg/mlRNA酶(RNase):分解RNA
9.5mol/L NaCl:
pH为8的DNA溶液中,DNA分子是带负电荷的,加一定浓度的NaCl使Na+中和DNA分子上的负电荷,减少DNA分子间的同性电荷相斥力,易于相反聚合而形成DNA钠盐沉淀。
[器材]
1.高速组织捣碎器 2.离心管 3.移液管 4.钝粗口滴管 5.离心机 6.移液器 7.塑料吸嘴 8.水浴箱 9.紫外分析仪
[注意事项]
1.处死动物取出所用脏器后应尽快放入液氮中,以免DNase引起DNA降解。在纯化过程中要加核酸酶抑制剂(eg.EDTA),以防DNA自身降解。
2.组织要尽量研磨得细一点,颗粒太大细胞裂解不彻底,在随后得保温过程中会导致DNA得严重降解。
3.真核细胞DNA分子量很大,机械张力极易引起DNA分子的断裂,因此操作条件要缓和,摇动速度不要过快,溶液转移次数要尽量减少。
4.在纯化过程中去除蛋白质、多糖等杂质时,特别要注意把蛋白质除净。 5.由于酚腐蚀性较强,摇动抽提时应戴一次性手套。
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