1、微生物水质调节剂与抗生素及消毒剂混合使用
养殖户在使用微生物水质调节剂改善水质的同时，处于对养殖动物疾病的恐惧，习惯于使 用抗生素进行预防，在水体、饵料中长期加用一种或是多种抗生素，以期杀灭病原体，减 少发病，以为这样双管齐下，可保万无一失。殊不知抗生素在杀灭病菌的同时也将活菌组 成的微生物制剂破坏。
2、微生物水质调节剂使用方法、时机不当 养殖户对微生物水质调节剂一知半解，或者受广告宣传的影响，简单地认为使用微生态制 剂只要向池中泼洒就可以了，全不管是何种制剂，使用时有什么具体要求。
由于微生物水质调节剂无毒副作用，一些人对剂量的掌控表现出很大的随意性。水质好的 时候，处于降低成本的考虑则少用或不用，水质差或开始发病的时候就超限量使用。
3、储存、运输过程中保管不当，致使微生物水质调节剂活力下降 微生物水质调节剂的储存、运输、保管是商家和养殖户最容易忽略的环节，往往随意堆放， 而各厂家的说明书要求存储的条件也不一致，有的要求干燥、避光、冷储，有的称可以室 温保存等，使得目前产品的储存、运输方法的混乱。但是对于微生物水质调节剂来说，环 境因素对菌株的活性影响比较大。
（ 1）若将其放在温暖、潮湿的环境中，细菌在储存过程中就开始繁殖生长，到使用时可能 出现大部分细菌进入衰败期，因进一步分解有机物的能力有限，产品的质量下降；
（ 2）若暴露于强光、高温、低温等恶劣环境，可直接导致细菌的死亡，其活菌数将大幅度 下降。例如：常有人反映光合菌菌液储存一段时间后开始发黑并有恶臭味，就是因为保管 不当造成活菌死亡腐败所致，将这样的微生物制剂投入水体，不但不能改善水质，甚至会 污染水体，影响养殖动物的食欲。
四、使用微生物制剂的注意事项 1 适“时”使用
光照条件：光合细菌、EM菌要求有光照 2
适“水”使用 肥瘦：藻相、有机物浓度等也影响微生物制剂的使用效果，比如水瘦时不宜使用
光合细菌， 否则更瘦； 酸碱条件：光合细菌、芽孢杆菌等要求微碱性条件，而酵母菌则适宜在偏酸水体中生长。 3 适“当”保存
室温、干燥保存，光合细菌每天最好光照
2h以上，以保持PSB的活力。
4 适“况”使用 在养殖动物发病的情况下，应先用消毒剂治疗，待情况稳定后再使用微生态制剂。同时使 用前应注意生产日期，细菌活力失效变质应禁止使用，尤其是作为内服使用的。
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