分子生物学数据库

沈方舟InterPro

InterPro：http://www.ebi.ac.uk/interpro/ 简介： InterPro

是大型综合生物信息学数据库EMBL－EBI 下属的一个数据库，该

数据库的功能是蛋白质序列分析与分类，该数据库通过多种特征将蛋白质按家族 分类并且预测域（domain）和功能性位点。InterPro 可以提供域、蛋白质家族 及位点的相关信息。 数据库使用： 1. 网页搜索：

如下图所示，直接搜索ID 可以得到ID 的相关信息，包括综述、相关蛋白质、 域组织、通路与相互作用、物种、结构、文献和交叉引用。InterPro 支持搜索的 ID 除了其自身数据库的ID，还可以用pfam（蛋白质域数据库）或GO（基因注 释）的ID 进行搜索。

除此之外，InterPro 还支持关键字搜索，如下图所示，搜索关键字的结果一 般会有许多结果。从图中左侧可以看出InterPro 所包含的信息有四种，包括蛋 白质家族、域、蛋白质重复和位点。另外右上的show more

data 可以链接到EMBL

－EBI 以获取更多的相关信息。

最后，作为作为蛋白质序列分析的数据库，InterPro 也支持直接分析蛋白质 序列，下图是序列搜索结果的页面。

2. 数据下载

除了在网页上搜索外，要获得更多的数据可以登陆其FTP 进行下载。

石逸飞Manet数据库

Manet数据库的介绍 Manet数据库很小，它的的特点是提供定性和定量的生物系统中分子相互作用的网络。而且，这个数据库对蛋白结构的进化非常感兴趣，事实上，这正是这个数据库一开始建立的目的，那就是查找某个代谢的酶的祖先和代谢本身的进化途径。而现在，这个网站和多个知名的生物代谢网络网站都有合作，比如KEGG和SCOP，对于文献中每一个蛋白或者酶，都提供KEGG的具体说明。 目前它的引用文献只有九篇。 其网址是www.manet.uiuc.edu。

张少博CAZY数据库

全称：Carbohydrate-Active enZYmes databases 链接： http://www.cazy.org/

是一个专门用来收集，研究碳水化合物活性酶的基因组，结构生化信息的数据库。是一个专门领域研究的人比较常用的数据库。目前，有5个大的家族在数据库中。使用比较简单。

对每一个大家族的信息很详细，而且分类做的很好。

每一个大的家族下的一个小的家族为例，对这些分类也很做的很详细，分为了细菌，真菌，有结构的酶。而且每个酶都提供了基因，结构的链接（到ｇｅｎｂａｎｋ，ｕｎｉｐｒｏｔ，ｐｄｂ等数据库）