分析草案
项目名称： 西北农林科技大学18个花绒寄甲转录组+18个小
RNA+6个蛋白定量分析（iTRAQ)测序及分析合同 （无参考基因组）
委托人（甲方）：西北农林科技大学林学院
受托方（乙方）：
签订地点：
签订日期： 年 月 日
有效期限： 年 月 日至 年 月 日
1．项目描述
1）材料说明：研究对象为花绒寄甲（Dastarcus helophoroides），实验方案是对4龄期L1、6龄期L2、蛹期L3、1年成虫L4、2年成虫L5、4年成虫L6共6个时间点（每个时间点有3个生物学重复）的样本进行18个转录组测序、18个Small RNA测序、6个ITRAQ蛋白定量实验。其中，转录组、Small RNA测序使用同一样品。
2）项目背景信息与项目策略
3）测序数据分组、合并及符号
发育节点: 4龄期L1 6龄期L2 蛹期L3 1年成虫L4 2年成虫L5 4年成虫L6 原始重复数据：(1-3) (1-3) (1-3) (1-3) (1-3) (1-3)
mRNA合并数据： X1 X2 X3 X4 X5 X6 X1-X6合并=T
↓ ↓ ↓ ↓ ↓ ↓
7组拼接数据： X1 X2 X3 X4 X5 X6
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
X1-X6合并=T
●
●
●
蛋白质翻译库 X1d X2d X3d X4d X5d X6d按照链特异性文库建库strand-specific RNA sequencing(Directional RNA-Seq)
●
Td●
Small RNA合并：Y1 Y2 Y3 Y4 Y5 Y6 Y1-Y6合并=U
↓ ↓ ↓ ↓ ↓ ↓ ↓
注释比对库 Y1 Y2 Y3 Y4 Y5 Y6 U 蛋白质组数据： D1 D2 D3 D4 D5 D6 D1-D6合并=V ↓ ↓ ↓ ↓ ↓ ↓ ↓
注释比对库 D1 D2 D3 D4 D5 D6 V 对比15次： L1-L2，L1-L3，L1-L4，L1-L5，L1-L6；L2-L3，L2-L4，L2-L5，L2-L6；L3-L4，
L3-L5，L3-L6；L4-L5，L4-L6；L5-L6
1
4）原始数据：每发育节点转录组3组重复数据；Small RNA的3组重复数据；蛋白组学1组数据。合并数据：3个原始重复测序数据合并为1组再组装、mapping。转录组X1～X6，组装库X1～X6；Small RNA 为Y1～Y6；蛋白质组为D1～D6。总数据：转录组X1～X 6合并为T、组装库T、再mapping，；Small RNA的Y1～Y6合并为U、再mapping；蛋白组学D1-6合并为V、再mapping，转录组蛋白翻译库 W。
5) 经费包括 测序及以下所有信息分析费在内，信息分析费不再另行支付。1）材料说明：研究对象为花绒寄甲（Dastarcus helophoroides），实验方案是对4龄期L1、6龄期L2、蛹期L3、1年成虫L4、2年成虫L5、4年成虫L6共6个时间点（每个时间点有3个生物学重复）的样本进行18个转录组测序、18个Small RNA测序、6个ITRAQ蛋白定量实验。其中，转录组、Small RNA测序使用同一样品。
2）项目背景信息与项目策略
●
●●
3）测序数据分组、合并及符号
发育节点: 4龄期L1 6龄期L2 蛹期L3 1年成虫L4 2年成虫L5 4年成虫L6 原始重复数据：(1-3) (1-3) (1-3) (1-3) (1-3) (1-3)
mRNA合并数据： X1 X2 X3 X4 X5 X6 X1-X6合并=T
↓ ↓ ↓ ↓ ↓ ↓
7组拼接数据： X1 X2 X3 X4 X5 X6
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
●
X1-X6合并=T
●
●
●
蛋白质翻译库 X1d X2d X3d X4d X5d X6d按照链特异性文库建库strand-specific RNA sequencing(Directional RNA-Seq)
●
Td●
Small RNA合并：Y1 Y2 Y3 Y4 Y5 Y6 Y1-Y6合并=U
↓ ↓ ↓ ↓ ↓ ↓ ↓
2
注释比对库 Y1 Y2 Y3 Y4 Y5 Y6 U 蛋白质组数据： D1 D2 D3 D4 D5 D6 D1-D6合并=V ↓ ↓ ↓ ↓ ↓ ↓ ↓
注释比对库 D1 D2 D3 D4 D5 D6 V 对比15次： L1-L2，L1-L3，L1-L4，L1-L5，L1-L6；L2-L3，L2-L4，L2-L5，L2-L6；L3-L4，
L3-L5，L3-L6；L4-L5，L4-L6；L5-L6
4）原始数据：每发育节点转录组3组重复数据；Small RNA的3组重复数据；蛋白组学1组数据。合并数据：3个原始重复测序数据合并为1组再组装、mapping。转录组X1～X6，组装库X1●
～X6●
；Small RNA 为Y1～Y6；蛋白质组为D1～D6。总数据：转录组X1～X 6合并为T、组装库T●、再mapping，；Small RNA的Y1～Y6合并为U、再mapping；蛋白组学D1-6合并为V、再mapping，转录组蛋白翻译库 W。
5) 经费包括 测序及以下所有信息分析费在内，信息分析费不再另行支付。
2．目标及技术内容(流式细胞仪预测该虫基因为235M，已完成了1个成虫样2G转录组测序，注释率80%)
（1）Hiseq 2000完成 18个（花绒寄甲Dastarcus helophoroides）RNA样品链特异性转录组测序,每个样品产生 4Gb clean data以上，并完成相应的信息分析。Q20 95%以上，Q30 90%以上
（2）Illumina完成18个（花绒寄甲Dastarcus helophoroides）RNA样品Small RNA测序（包括miRNA，rRNA，tRNA，snRNA，piRNA，snoRNA，microRNAs，siRNA，miRNAs等），保证每个样本产生不低于15～20M的clean reads，并完成相应的信息分析。Q20 95%以上，Q30 90%以上
（3）运用iTRAQ技术，完成6个样品的蛋白组学定量分析。对6个（花绒寄甲Dastarcus helophoroides）样品进行标记，将液相色谱与质谱联用，保证每个样本产生的蛋白质数不少于转录组注释数据量的1/10、鉴定非冗余蛋白质数不少于转录组数据量的0.6/10（果蝇9124个），通过生物信息分析鉴定蛋白和比较差异蛋白的表达量，并完成相应的信息分析。
3．转录组技术路线
3．1 项目描述
对18 个RNA样品进行检测，样品检测合格后采取以下技术路线对转录组进行测序：常规转录组测序样品制备――上机测序（每个样品产生 4Gb clean data）――生物信息学分析。 发育节点: 4龄期L1 6龄期L2 蛹期L3 1年成虫L4 2年成虫L5 4年成虫L6 原始重复数据：(1-3) (1-3) (1-3) (1-3) (1-3) (1-3)
mRNA合并数据： X1 X2 X3 X4 X5 X6 X1-X6合并=T 7组组装数据： X1●
X2●
X3●
X4●
X5●
X6●
X1●-X6●合并=T●
功能注释 √ √ √ √ √ √ √ ORF/CDS预测 √ √ √ √ √ √ √ SSR/SNP分析 √ √ √ √ √ √ √ lncRNA预测 √ √ √ √ √ √ √ 蛋白质翻译库 X1d●
X2d●
X3d●
X4d●
X5d●
X6d●
Td●
按照链特异性文库建库strand-specific RNA sequencing(Directional RNA-Seq；trinity组装
对比15次： X1-X2，X1-X3，X1-X4，X1-X5，X1-X6；X2-X3，X2-X4，X2-X5，X2-X6；X3-X4，
3
1
相关推荐：
loading