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分子生物学综合题

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p21基因又称为Waf1、Cip1、SDI1及Pic1等,它所编码的蛋白质的相对分子量约21

×103。P21蛋白可与各种Cyclin-cdk复合物结合,抑制cdk激酶的活性,阻止细胞通过G1/S期关卡,使细胞停留在G1期,从另一方面抑制细胞增殖,或者使DNA受到损伤的细胞有机会修复,以维持基因组的稳定性,防止细胞恶性转化。大量证据表明,肿瘤抑制基因p53调控细胞周期的功能主要是通过p21来完成的。

假设p21基因突变(点突变、错位突变)可引发某种癌症,问题: 1、 设计一个实验证明这种癌症是由p21基因点突变引起的

2、 证实其是由单核苷酸多态性(SNP)引起的,并检测SNP的频率 3、 设计实验研究p21基因突变引起癌症的机制

1 1)通过cDNA文库获得TMEM43基因cDNA全长序列,或通过RT-PCR方法获得cDNA全长;

(2)通过测序技术确认定点突变碱基以及其他序列的正确性;

(3)通过酶切,连接等,将全长突变cDNA插入带筛选和表达标志的质粒表达载体; (4)通过筛选标志筛选插入正确的阳性克隆;

(5)通过原核扩增体系,提取质粒DNA,获得足够量的表达正常的和突变体的质粒; (6)通过转染体系,转染培养细胞; (7)检测细胞形态及功能。 2 SNP:单核苷酸多态性。是指出现在基因组DNA分子的特定位置的单个核苷酸

的置换。定义SNP位点必须满足该位点的单个核苷酸的变异在人群中出现的频率>1%,单核苷酸插入/缺失变异也属于广义的SNP。

单核苷酸多态性主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性,它是人类可遗传的变异中最常见的一种,占所有已知多态 性的90%以上。任何一种SNP的检测方法都可将之看成由两部分组成:即区分SNP位点的原理方法和数据的检测分析手段。 对SNP位点区分主要是通过杂交、PCR、分子构象、酶法等来实现, 而信号采集手段主要是利用电泳、荧光、芯片、质谱分析等技术。

检测方法:

标本:取该癌症病人癌组织群体标本,癌症正常组织标本为对照

方法:结合SSCP分析及DNA序列测定技术,检测该群体标本细胞p21基因的核

苷酸序列。

结果分析:对检测结果处理后进行相关性分析,看该癌症是否与p21基因的点突变

有关。

癌组织群体标本频率在1%到50%都是多态

建立该癌症的癌细胞系及正常细胞株。

通过寡核苷酸介导的定点诱变技术对p21基因进行定点诱变,转染进正常细胞株,看能否导致其向癌细胞转变。(空白对照:空载体转染;阴性对照:乱序转染)

在癌细胞中转染p21基因的表达载体,或p21基因的表达载体+突变p21基因的

反义RNA,或突变p21基因的反义RNA,看增加正常p21基因表达或抑制突变p21基因表达后,能否逆转癌细胞的转变。

综合实验结果得出该癌症是否由p21基因突变引起

2、基于杂交方法区分SNP特异位点并结合芯片技术进行检测

3、查阅相关文献,找出p21基因编码产物P21蛋白的下游靶标。

正常细胞组vs癌细胞组: 通过Western Blot检测P21蛋白表达水平,并检测下

游靶标的表达水平或活性。流式细胞术检测其细胞周期。

在癌细胞中转染p21基因的表达载体,或p21基因的表达载体+突变p21基因的反义RNA,或突变p21基因的反义RNA →分别各组检测P21蛋白表达水平,并检测下游靶标的表达水平或活性。流式细胞术检测其细胞周期。

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