复合物I：NADH-CoQ还原酶（FMN→Fe-S）复合物II：琥珀酸-CoQ还原酶（FAD→Fe-S）复合物III：细胞色素还原酶（Cytb → Fe-S → Cytc1）复合物IV：细胞色素氧化酶（Cytaa3） 真核生物电子传递的部位：线粒体；原核生物电子传递的部位：细胞膜。
NAD+：与酶蛋白可逆结合而往返于线粒体基质与内膜之间（但不能透过内膜）。NAD+是双电子传递体(每次传递2个电子)，即氢传递体。黄素蛋白（FP）：是指以FAD或FMN为辅基的酶。FP分布在线粒体的内膜上。FP在呼吸链中作为双电子传递体。铁硫蛋白(Fe-S) ：铁硫中心只有1个Fe起氧化还原反应，在氧化型（Fe3+）和还原型（Fe2+）之间转变。单电子传递体。辅酶Q (CoQ)：辅酶Q是呼吸链中唯一的非蛋白质组分,是双电子传递体。细胞色素 (Cyt)：单电子传递体。
电子传递抑制剂：鱼藤酮（阻断从NADH向CoQ的传递）抗霉素A（阻断CoQ向复合物III的电子传递）氰化物、叠氮化物、CO、H2S（阻断复合物IV向O2的传递）
磷氧比（P/O）：在生物氧化过程中，每消耗1个氧原子所产生的ATP的分子数。
NADH经呼吸链完全氧化时，磷氧比值是2.5，FADH2 经呼吸链完全氧化时，磷氧比值是1.5。
氧化磷酸化：NADH或FADH2将电子传递给O2的过程与ADP的磷酸化相偶联，使电子传递过程中释放出的能量用于ATP的生成。
氧化磷酸化需要氧气作为最终的电子受体，它是需氧生物合成ATP的主要途径。
底物水平磷酸化：代谢物通过氧化形成的高能磷酸化合物直接将磷酸基团转移给ADP，使之磷酸化生成ATP。 光合磷酸化：由光驱动的电子传递过程与ADP的磷酸化相偶联，使电子传递过程中释放出能量用于ATP的生成。 能荷：能荷是细胞中高能磷酸状态的一种数量上的衡量，能荷大小可以说明生物体中ATP-ADP-AMP 系统的能量状态。能荷=[ATP]+0.5[ADP]/[ATP]+[ADP]+[AMP]。
高能荷时，ATP生成过程被抑制，而ATP的利用过程被激发；低能荷时，其效应相反。
化学渗透理论：呼吸链在传递电子的同时将质子从线粒体的基质侧泵到线粒体的膜间隙，当膜间隙存在足够的质子形成电化学梯度的时候质子顺梯度流回基质并为ATP合成酶酶催化ADP和Pi生成ATP提供能量。
氧化磷酸化的抑制剂：ATP合酶的抑制剂（寡霉素）；解偶联剂（2,4-二硝基苯酚(DNP)）；离子载体抑制剂（缬氨霉素）
磷酸甘油穿梭系统（肌细胞），这种方式不通过复合物Ⅰ，P/O为1.5；苹果酸穿梭系统（肝细胞），这种方式要通过复合物Ⅰ，P/O为2.5。
解偶联剂：一种使电子传递与ADP磷酸化之间的紧密偶联关系解除的化合物。如2,4－二硝基苯酚。
高能化合物：在标准条件下水解时，自由能大幅度减少的化合物。一般是指水解释放的能量能驱动ADP磷酸化合成ATP的化合物。
糖异生：非糖物质（如丙酮酸乳酸甘油生糖氨基酸等）转变为葡萄糖的过程。
发酵：厌氧有机体把糖酵解生成NADH 中的氢交给丙酮酸脱羧后的产物乙醛，使之生成乙醇的过程称之为酒精发酵。如果将氢交给病酮酸丙生成乳酸则叫乳酸发酵。
变构调节：变构调节是指某些调节物能与酶的调节部位结合使酶分子的构象发生改变，从而改变酶的活性，称酶的变构调节。
糖酵解途径：糖酵解途径指糖原或葡萄糖分子分解至生成丙酮酸的阶段，是体内糖代谢最主要途径。
磷酸戊糖途径：磷酸戊糖途径指机体某些组织（如肝、脂肪组织等）以6-磷酸葡萄糖为起始物在6-磷酸葡萄糖脱氢酶催化下形成6-磷酸葡萄糖酸进而代谢生成磷酸戊糖为中间代谢物的过程，又称为磷酸已糖旁路。
脂肪酸的α-氧化：α-氧化作用是以具有3-18碳原子的游离脂肪酸作为底物，有分子氧间接参与，经脂肪酸过氧化物酶催化作用，由α碳原子开始氧化，氧化产物是D-α-羟脂肪酸或少一个碳原子的脂肪酸。
脂肪酸的β-氧化：脂肪酸的β-氧化作用是脂肪酸在一系列酶的作用下，在α碳原子和β碳原子之间断裂，β碳原子氧化成羧基生成含2个碳原子的乙酰CoA 和比原来少2 个碳原子的脂肪酸。
脂肪酸ω-氧化：ω-氧化是C5、C6、C10、C12脂肪酸在远离羧基的烷基末端碳原子被氧化成羟基，再进一步氧化而成为羧基，生成α,ω-二羧酸的过程。
乙醛酸循环：一种被修改的柠檬酸循环，在其异柠檬酸和苹果酸之间反应顺序有改变，以及乙酸是用作能量和中间物的一个来源。某些植物和微生物体内有此循环，他需要二分子乙酰辅酶A的参与；并导致一分子琥珀酸的合成。 柠檬酸穿梭：就是线粒体内的乙酰CoA 与草酰乙酸缩合成柠檬酸，然后经内膜上的三羧酸载体运至胞液中，在柠檬酸裂解酶催化下，需消耗ATP 将柠檬酸裂解回草酰乙酸和，后者就可用于脂肪酸合成，而草酰乙酸经还原后再氧化脱羧成丙酮酸，丙酮酸经内膜载体运回线粒体，在丙酮酸羧化酶作用下重新生成草酰乙酸，这样就可又一次参与转运乙酰CoA 的循环。
乙酰CoA 羧化酶系：大肠杆菌乙酰CoA 羧化酶含生物素羧化酶、生物素羧基载体蛋白（BCCP）和转羧基酶三种组份，它们共同作用催化乙酰CoA 的羧化反应，生成丙二酸单酰-CoA。
脂肪酸合酶系统：脂肪酸合酶系统包括酰基载体蛋白（ACP）和6 种酶，它们分别是：乙酰转酰酶；丙二酸单酰转酰酶；β-酮脂酰ACP 合成酶；β-酮脂酰ACP 还原酶；β-羟；脂酰ACP 脱水酶；烯脂酰ACP 还原酶。 肉毒碱穿梭：脂酰CoA通过形成脂酰肉毒碱从细胞质转运到线粒体的一个穿梭循环途径。
酰基载体蛋白（ACP）：通过硫酯键结合脂肪酸合成的中间代谢物的蛋白质（原核生物）或蛋白质的结构域（真核生物）。
转氨作用：在转氨酶作用下，把一种氨基酸上的氨基转移到α-酮酸上，形成另一种氨基酸。
生糖氨基酸：在分解过程中能转变成丙酮酸、α-酮戊二酸乙、琥珀酰辅酶A、延胡索酸和草酰乙酸的氨基酸称为生糖氨基酸。
生酮氨基酸：在分解过程中能转变成乙酰辅酶A和乙酰乙酰辅酶A的氨基酸称为生酮氨基酸。 核酸内切酶: 核糖核酸酶和脱氧核糖核酸酶中能够水解核酸分子内磷酸二酯键的酶。 核酸外切酶:从核酸链的一端逐个水解核苷酸的酶。
限制性核酸内切酶：能作用于核酸分子内部，并对某些碱基顺序有专一性的核酸内切酶，是基因工程中的重要工具酶。
一碳单位：仅含一个碳原子的基团如甲基（CH3-、亚甲基（CH2=）、次甲基（CH≡）、甲酰基（O=CH-)、亚氨甲基（HN=CH-）等，一碳单位可来源于甘氨酸、苏氨酸、丝氨酸、组氨酸等氨基酸，一碳单位的载体主要是四氢叶酸，功能是参与生物分子的修饰。
半保留复制：双链DNA 的复制方式，其中亲代链分离，每一子代DNA 分子由一条亲代链和一条新合成的链组成。 逆转录：Temin 和Baltimore 各自发现在RNA 肿瘤病毒中含有RNA 指导的DNA 聚合酶，才证明发生逆向转录，即以RNA 为模板合成DNA。
冈崎片段：一组短的DNA 片段，是在DNA 复制的起始阶段产生的，随后又被连接酶连接形成较长的片段。在大肠杆菌生长期间，将细胞短时间地暴露在氚标记的胸腺嘧啶中，就可证明冈崎片段的存在。冈崎片段的发现为DNA 复制的科恩伯格机理提供了依据。
复制叉：复制DNA 分子的Y 形区域,在此区域发生链的分离及新链的合成。
前导链：DNA 的双股链是反向平行的，一条链是5'→3'方向，另一条是3'→5'方向，上述的起点处合成的领头链，沿着亲代DNA 单链的3'→5'方向（亦即新合成的DNA沿5'→3'方向）不断延长,前导链是连续的。
随后链：已知的DNA 聚合酶不能催化DNA 链朝3'→5'方向延长，在两条亲代链起点的3' 端一侧的DNA 链复制是不连续的，而分为多个片段，每段是朝5'→3'方向进行。
核心酶：大肠杆菌的RNA聚合酶全酶由5个亚基组成（2α2β，δ），没有δ基的酶叫核心酶。核心酶只能使已开始合成的RNA链延长，但不具有起始合成RNA的能力，必须加入δ基才表现出全部聚合酶的活性。 RNA聚合酶:以一条DNA链或RNA为模板催化由核苷-5′-三磷酸合成RNA的酶。 启动子：在DNA分子中，RNA聚合酶能够结合并导致转录起始的序列。
诱导酶：由于诱导物的存在，使原来关闭的基因开放，从而引起某些酶的合成数量明显增加。标兵酶：在多酶促系列反应中，受控制的部位通常是系列反应开头的酶，一般是变构酶。
操纵子：在转录水平上控制基因表达的协调单位，包括启动子（P）操纵基因（O）和在功能上相关的几个结构基因。 衰减子：位于结构基因上游前导区调节基因表达的功能单位，前导区转录的前导RNA通过构象变化终止或减弱转录。
阻遏物：由调节基因产生的一种变构蛋白，当它与操纵基因结合时，能够抑制转录的进行。
辅阻遏物：能够与失活的阻碣蛋白结合，并恢复阻遏蛋白与操纵基因结合能力的物质。辅阻遏物一般是酶反应的产物。
降解物基因活化蛋白：由调节基因产生的一种cAMP 受体蛋白，当它与cAMP 结合时被激活，并结合到启动子上促进转录进行。是一种正调节作用。
腺苷酸环化酶：催化ATP 焦磷酸裂解产生环腺苷酸（cAMP）的酶。
共价修饰：某种小分子基团可以共价结合到被修饰酶的特定氨基酸残基上，引起酶 分子构象变化，从而调节代谢的方向和速度。
级联系统：在连锁代谢反应中一个酶被激活后，连续地发生其它酶被激活，导致原始调节信号的逐级放大，这样的连锁代谢反应系统称为级联系统。
反馈抑制：在代谢反应中，反应产物对反应过程中起作用的酶产生的抑制作用。 前馈激活：在反应序列中，前身物质对后面的酶起激活作用，使反应向前进行。
聚合酶链式反应（PCR）：扩增样品中的DNA量和富集众多DNA分子中的一个特定的DNA序列的一种技术。在该反应中，使用与目的DNA序列互补的寡核苷酸作为引物，进行多轮的DNA合成。其中包括DNA变性、引物退火和在Taq DNA聚合酶催化下的DNA合成。
半保留复制：DNA复制的一种方式。每条链都可用作合成互补链的模板，合成出两分子的双链DNA，每个分子都是由一条亲代链和一条新合成的链组成。
移码突变：一种突变，其结果为导致核酸的核苷酸顺序之间的正常关系发生改变。移码突变是由删去或插入一个核苷酸的点突变构成的，突变点以前的密码子并不改变，并将决定正确的氨基酸顺序,但突变点以后的所有密码子都将改变,且将决定错误的氨基酸顺序。
信号肽: 信号肽假说认为，编码分泌蛋白的mRNA在翻译时首先合成的是N 末端带有疏水氨基酸残基的信号肽，它被内质网膜上的受体识别并与之相结合。信号肽经由膜中蛋白质形成的孔道到达内质网内腔，随即被位于腔表面的信号肽酶水解，由于它的引导，新生的多肽就能够通过内质网膜进入腔内，最终被分泌到胞外。翻译结束后，核糖体亚基解聚、孔道消失，内质网膜又恢复原先的脂双层结构。
同义密码子：为同一种氨基酸编码几个密码子之一，例如密码子UUU 和UUC都编码苯丙氨酸。 开放读码框：DNA或RNA序列中一段不含终止密码子的连续的非重叠核苷酸密码。
信号肽：常指新合成多肽链中用于指导蛋白质夸膜转移（定位）的N-末端氨基酸序列（有时不一定在N端）。
RNA剪接：从DNA模板链转录出的最初转录产物中除去内含子，并将外显子连接起来形成一个连续的RNA分子的过程。
翻译：在蛋白质合成期间，将存在于mRNA上代表一个多肽的核苷酸残基序列转换为多肽链氨基酸残基序列的过程。 遗传密码：核酸中的核苷酸残基序列与蛋白质中的氨基酸残基序列之间的对应关系。；连续的3个核苷酸残基序列为一个密码子，特指一个氨基酸。标准的遗传密码是由64个密码子组成的，几乎为所有生物通用。
基因（顺反子）:泛指被转录的一个DNA片段。在某些情况下，基因常用来指编码一个功能蛋白或DNA分子的DNA片段。
SD序列：mRNA中用于结合原核生物核糖体的序列。
顺式作用元件：真核生物DNA 的转录启动子和增强子等序列，合称顺式作用元件。 反式作用因子：调控转录的各种蛋白质因子总称反式作用因子。
直接修复：是通过一种可连续扫描DNA，识别出损伤部位的蛋白质，将损伤部位直接修复的方法。该修复方法不用切断DNA或切除碱基。
切除修复：通过切除-修复内切酶使DNA损伤消除的修复方法。一般是切除损伤区，然后在DNA聚合酶的作用下，以露出的单链为模板合成新的互补链，最后用连接酶将缺口连接起来。
错配修复：在含有错配碱基的DNA分子中，使正常核苷酸序列恢复的修复方式。这种修复方式的过程是：识别出正确的链，切除掉不正确链的部分，然后通过DNA聚合酶和DNA连接酶的作用，合成正确配对的双链DNA。 中心法则：描述从一个基因到相应蛋白质的信息流的途径。遗传信息贮存在DNA中，DNA被复制传给子代细胞，信息被拷贝或由DNA转录成mRNA，然后mRNA翻译成多肽或蛋白质。不过，由于逆转录酶的反应，也可以以mRNA为模板合成DNA。
转录：在由RNA聚合酶和辅助因子组成的转录复合物的催化下，从双链DNA分子中拷贝生物信息生成一条RNA链的过程。
模板链：可作为模板转录为RNA的那条链，该链与转录的RNA碱基互补（A-U，G-C）。在转录过程中,RNA聚合酶与模板链结合，并沿着模板链的3′→5′方向移动，按照5′→3′方向催化RNA的合成。
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