什么是凝胶电泳？
凝胶电泳是根据大小分析和分离DNA片段的可靠方法。电泳分离后，可以将特定的条带切出琼脂糖凝胶基质，然后进一步处理以纯化DNA。对于许多工作流程，凝胶电泳仍然是分离特定大小的DNA的最佳方法（尤其是对于大于1kb的片段）。许多下一代测序（NGS）文库制备仍需要在测序前使用琼脂糖凝胶分离出片段来分离样品。但是，由于许多研究人员都在努力从原始输入中回收超过50％的产率，因此从凝胶切除物中回收DNA可能具有挑战性。通过特别注意几个关键点，DNA的产量和质量可以大大提高。
凝胶电泳步骤：
从套装开始
为了回收尽可能多的DNA，甚至需要在凝胶凝固之前进行考虑。确认试剂盒的规格以确定其是否与凝胶兼容非常重要。
此外，我们建议选择能产生最小孔的梳子，以解决要溶解的DNA溶液的体积。这最终将使条带的尺寸保持在更集中的空间，从而使凝胶切除片变小。
快速工作
重要的是要记住凝胶暴露在紫外线下的时间。样品在灯上保存的时间越长，DNA在此过程中受损的风险就越大。因此，强烈建议在对凝胶成像并切割带子时快速有效地工作。
注意百分比
通常，琼脂糖凝胶百分比由DNA片段大小决定。较小的碎片需要更紧密的矩阵以分隔条带并获得清晰的可视化效果。这种更紧密的基质需要更高百分比的琼脂糖才能分离出小的DNA片段。通常，低于2％的琼脂糖凝胶很容易加工。但是，如果凝胶的琼脂糖含量超过2％，则建议使用额外体积的琼脂糖溶解缓冲液，以确保在进一步处理之前将凝胶完全溶解。
切近DNA条带
优化样品输入对于任何实验方案都是至关重要的，从凝胶切除中回收DNA也不例外。在这种情况下，确保将切片切成尽可能接近所需的DNA条带极为重要。这样做减少了需要溶解的琼脂糖的量。我们建议称重切下的凝胶切片，以确保其不超过400毫克。如果确实超过该数量，则需要扩大反应规模。
确保凝胶切片已溶解
在结合到色谱柱上之前，确保琼脂糖完全溶解至关重要。如果存在任何部分未溶解的琼脂糖痕迹，则可能会将盐浸入基质中，从而与DNA共纯化。这些盐会导致样品的260/230比值不高。此外，未溶解的琼脂糖会保留DNA并阻塞并降低纯化步骤的效率。为避免这种情况，在将凝胶切片添加到色谱柱之前，请确保其已完全溶解。
观察温度
溶解温度至关重要，在55°C时表现最佳。但是，该温度不应升至60°C以上，因为它会增加DNA降解和样品丢失的机会。
对列使用警告
为了确保最佳的回收率，重要的是洗脱的DNA必须纯净且不含盐和其他污染物。为此，请仔细考虑方案的清洗步骤。建议沿色谱柱壁的边缘运行洗涤缓冲液，以冲洗掉琼脂糖溶解缓冲液中可能残留的所有盐。洗脱时，请确保将洗脱缓冲液直接放在柱基质上。这将有助于防止洗脱液收集可能在色谱柱上干higher的盐。
大小事项
大的DNA片段（>11kb）很难回收，因为它们更难从色谱柱基质上洗脱下来。我们建议将洗脱缓冲液在室温下孵育最多五分钟。此外，使用预热的（60-70°C）洗脱缓冲液可以帮助提高洗脱效率。
对于大于10kb的DNA片段，我们建议使用经验证可用于高分子量DNA的试剂盒。
核小体（北京）生物技术有限公司成立于2020年9月15日，公司总部设在首都北京，是一家从事生物、医药试剂技术研究、开发和创新的企业。核小体是其创始人张利存博士联合多位生命科学专家经多年的尝试、积累与沉淀，借鉴国内外同行经验，在现有产品的基础上不断优化、创新的产物，主要致力于DNA、RNA提取、克隆、组织培养等生命科学领域产品的研发、生产及推广，广泛服务于各科研院校。
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