IBM Platform LSF家族安装和配置简介 V1.0

3.1.4 添加CFD APP profile

[root@mn-3650 etc]# vi $LSF_ENVDIR/lsf.shared 添加如下配置： Begin Application NAME = cfd

JOB_STARTER=/opt/lsf/jobstarter/cfd_starter RES_REQ=\End Application

badmnin reconfig使得此文件生效，使用bapp –l cfd查看是否成功： [root@mn-3650 bin]# bapp -l cfd

APPLICATION NAME: cfd -- No description provided.

STATISTICS:

NJOBS PEND RUN SSUSP USUSP RSV 12 12 0 0 0 0

PARAMETERS:

JOB_STARTER: /opt/lsf/jobstarter/cfd_starter RES_REQ: \

3.1.5 CFD++命令行提交脚本实例 [hpcadmin@mn-3650 jessi]$ cat cfd.sh #!/bin/sh #BSUB -n 12 #BSUB -o %J.out #BSUB -e %J.err #BSUB -app cfd #BSUB -R \ cd /gpfs/software/cfd++/test/ogive/ /gpfs/software/cfdpp/hpmpi/bin/mpirun -hostfile $LSB_DJOB_HOSTFILE /gpfs/software/cfdpp/mbin/mcfd.11.1/hpmpimcfd 17 | Page

然后bsub < cfd.sh 提交作业。

3.2 GAUSSIAN集成方式（spooling file）

3.2.1 Gaussian安装和许可证 路径：/gpfs/software/Gaussian/

许可证：无许可证版本，单个作业只能单机运行。

3.2.2 Gaussian命令行提交脚本实例 下面脚本：g03.sh

#!/bin/sh

#BSUB -q qchem #BSUB -n 4

#BSUB -R \#BSUB -cwd . #BSUB -e %J.err #BSUB -o %J.out

JOB=Full_codes_112_ipr_C1_0588.com JOBNAME=`basename \

export g03root=/gpfs/software/Gaussian export GAUSS_SCRDIR=/tmp

source $g03root/g03/bsd/g03.profile

/gpfs/software/Gaussian/g03/g03 < $JOB > \

提交作业： bsub < g03.sh

3.3 Abaqus的脚本集成（bsub命令）

编辑脚本abaqus_run.sh脚本 #!/bin/sh #

# version: 1.3.0

export ABAQUS_CMD=\export LM_LICENSE_FILE=\

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#指定cpu number,注意要与bsub命令行中-n指定的cpu个数一致 export NCPU=16

#指定输入文件

export INPUT_FILE=beam.inp

#指定作业名

export JOB_NAME=abaqus_job3

${ABAQUS_CMD} job=$JOB_NAME cpus=$NCPU input=\\\

2)通过LSF提交

#进入输入数据所在目录，执行bsub命令 bsub -q qeng -n 16 ./abaqus_run.sh

3.4 Amber作业（blaunch集成，可记账）

针对intelmpi，编写mpdboot.lsf脚本。变为可执行，放置在$LSF_SERVERDIR下面 编写提交作业脚本： [ymei@mnis test]$ cat new.sh #!/bin/sh #BSUB -q small #BSUB -n 128 #BSUB -o %J.out #BSUB -e %J.err #BSUB -J IMPI #BSUB -x

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#export PATH=/gpfs01/software/intel/impi/4.1.0.024/intel64/bin:$PATH #/gpfs01/home/ymei/jessi/mpdboot.lsf mpdboot.lsf

export I_MPI_DEVICE=ssm #export I_MPI_FABRICS=shm:ofa #export I_MPI_FAST_STARTUP=1 #export I_MPI_DEVICE=rdssm

#mpiexec -np $LSB_DJOB_NUMPROC /gpfs01/software/intel/impi/4.1.0.024/test/helloword mpiexec -np $LSB_DJOB_NUMPROC $AMBERHOME/bin/sander.MPI -ng 32 -groupfile remd10.groupfile mpdallexit

提交作业： bsub < new.sh

3.5 Platform MPI作业

3.5.1 安装Platform MPI 确认用户无密码访问ssh OK。 安装Platform MPI到共享目录下：

sh platform_mpi-08.3.0.0-0320r.x64.sh -installdir=/opt/pmpi –norpm 如果缺失C Compiler，执行： yum install gcc

3.5.2 LSF外面验证安装OK 设置环境变量：

export MPI_REMSH=\

export MPI_ROOT=/opt/pmpi/opt/ibm/platform_mpi/

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