Mrbayes学习

来源：用户分享时间：2025/5/22 3:35:42 本文由

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命令-大步骤： Execute file.nex Lset Pset Mcmc Sump Sumt

Help +____ 各论： Lset命令参数

JC69/F81 nst=1

K80/HKY85 nst=2 GTR nst=6 +gamma rates=gamma

+I （^%$@*nvarable site?） rates=propinv +I+gamma rates=invgamma Eg.

GTR+gamma

Lset nst=6 rates=gamma HKY85

Lset nst=2 rates=equal

Prset 命令参数实例

# 不同文件夹运行两次？？ Execute bglobin.nex #运行文件 Set p=1

Lset nst=2 rates=gamma #选择模型 Showmodel

Mcmcp ngen=100000 nruns=1 nchains=2 #运行代数；运行次数；同时运行个数。#看计算机的计算能力了#1000000

Sump #输出结果 #burnin=ngen/freq*0.25 Sumt 实战：修改nex文件 Execute lihu.nex

Lset nst=6 rates=invgamma #GTR+I+gamma Set autoclose=yes

Mcmcp ngen=1000000 printfreq=100000 samplefreq=200 nchains=2 nruns=1 filename=lihu # Mcmc

Sumt filename=lihu burnin=1000 #约等于burnin=ngen/freq*0.25

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