科研院所各项研究成果的产业化,加速了科技成果转化的进程。北京市此类型的专业孵化器有：北航天汇、科大方兴、神州空间、科方创业、利玛、中农大、启迪创业、交大、理工创新、泰思特、中自、北方车辆、京仪。 ３、企业主办型(产业型)
企业主办型孵化器分为国企和民营企业、投资机构创办两种。这种类型专业孵化器更加以市场为导向,积极调动各方资源,与大学、科研院所及其他社会中介机构建立广泛的联系,通过机制的不断创新，整合各方资源,为在孵企业提供市场化服务。北京市此类型的专业孵化器有：均大高科、奥宇、博奥联创、华海基业、超导园、汉朝大成、建科兴达、信创宇轩、汇龙森、药谷一号、方和正圆、京海、中关村软件园、北内、中关村生命、华商置业、中关村国际、康华伟业、新材料、集成电路、普天德胜、昌科晨宇、金丰和、北医联合。 4、混合型
混合型孵化器主要由大学、科研院所、企业及投资机构（包括外资、合资企业及海外投资机构）多种投资主体共同投资建立,整合多方资源，充分以市场为导向,从在孵企业需求出发，提供全方位的专业化服务。北京市此类型的专业孵化器有:赛欧、奥科兴源、中关村兴业、高创天成、八六三、海银科、信创宇轩。
按照服务、运营模式大致分为几下四大类运营模式：
1、技术转移型
以技术转移为特色,辅之以投融资功能,发挥服务联盟的优势,加强产学研的紧密结合,可简化为：技术转移+投融资＋服务联盟。这类专业孵化器主要都是依托大学、科研院所建立的专业孵化器,将自身系统的科技成果进行成果转化。如科大方兴、科方创业、中自、北理工、北方车辆等。 科大方兴孵化器的主要工作是促进北京科技大学科技项目的产业化，孵化器利用自身资金和科技园的孵化基金，依托学校资源和自身对技术市场的判断能力,选择企业或项目进行投资,帮助优秀科技成果跨越资金链条的“死亡谷”、推动学校研发资源的的技术转移工作，进而实现可观的经济效益,这种运作模式,在科技资源丰富的孵化器中,具有代表性。 2、技术服务型
这种模式是孵化器结合在孵企业的技术需求，建立专业技术平台,对企业开展测试、化验、技术培训等多种技术服务。在这类孵化器中，专业技术服务平台发挥了非常突出的作用。这类运营模式在北京市的专业孵化器中普遍存在，只是各自的服务重点有所不同。
如华海基业孵化器是大型民营企业集团创建的孵化器,它把创业培训与专业技术平台和投资（即采用信用投资的方式)进行了很有创意的结合,充分体现了民营孵化器的灵活机制。它在成立之初就瞄准石景山的数码娱乐产业,选择了一个
比较好的切入点，同时广泛聚集各种数字产业化资源，这就奠定了华海基业孵化器迅速发展的基础。
博奥联创孵化器建立了专业的科技条件平台,包括光电测试中心、中试洁净室和机电中试车间,其中由北京市科委支持建立的洁净室，同时供赛普瑞特等多家在孵企业共享使用，为企业节省了大笔资金；还可为创业企业提供产权策划及知识产权保护服务。
汇龙森善于整合资源,市场化程度较高，同时它为企业开展技术外包服务工作，体现出很大的灵活性,这与汇龙森的民营机制有重要关系，也与汇龙森管理高层有丰富的市场运作经验、团队整体运作水平高有关。汇龙森还开辟了新的孵化领域，与北京信威、六合万通、ＷAPI联盟等合作建立了无线数字信息技术公共服务平台，为通信企业提供增值服务。 3、产业链型
这种类型的孵化器一般依托大公司的背景资源，对一个技术领域内上下游资源进行整合。进而形成对研发、中试、生产、销售等整个产业链的孵化，这种孵化模式基本锁定了在孵企业的市场风险，有利于在孵企业快速形成产业化通道,用公式表示即：专业技术平台+生产基地+市场网络。
如均大高科是九州通集团建立的孵化器，依托大企业的优势，它形成了集医药研发、生产、市场营销及产业发展为一体的产业链，上中下游“通吃”。这种“贸工技一体化”
的发展战略为均大高科孵化器在对企业服务方面提供了更多的切入点。这种孵化器模式是大型企业建立孵化器的比较典型的模式。 4、投融资型
这种模式是以投融资为主要服务内容,又辅以一定的专业技术平台,主要在若干技术领域内投资，因此还是表现出很大程度的专业性，可以简化为：投融资＋专业技术平台。 投融资型孵化器的成功有两个先决条件。其一是孵化器具备雄厚的资金实力和较强的融资能力，另外则是有充足的可供投资的技术项目或创业企业源。在此情况下，孵化器可以通过经验丰富的投融资管理团队,利用资本运作手段开展投融资服务。但此类运作模式为保证投资的安全合理,不会将资金都投向小企业。其特征会促使其很快超越孵化职能。这类孵化器以启迪和博奥联创为代表。
值得注意的是，上述四种运营模式并不是孤立存在的，有的孵化器可能同时具备着两种以上的运营模式,尤其是综合孵化器在向专业化转型过程中,由于其实力较强，进行了多方探索，形成了复合型专业孵化器,即跨几个技术领域，又采取了灵活的运营方式。如北京高技术创业服务中心、海淀创业中心等。
现在,专业孵化器多以复合型孵化器为主力。
复合型孵化器是指在一个孵化体系内,既有综合孵化器，
又有专业孵化器的一种类型，这种专业孵化器可能是独立法人地位,也可能是非独立法人地位，或者是联盟形式等等，这样，复合型孵化器既具备综合服务能力,又能显著地发挥专业服务能力，这是北京地区综合孵化器转型过程中出现的一种特殊现象，很有可能代表着综合孵化器发展的一种趋势。北京创业中心、丰台创业中心、海淀创业中心、北航天汇、汇龙森、启迪等孵化器都是这种类型。 如北京高技术创业服务中心，在孵化器的专业化建设方面进行了大胆尝试，突出专业特征,集成优势资源，打造了四大专业孵化平台:国际商务孵化平台、空间信息产业孵化平台、先进制造业孵化平台、科技文化产业孵化平台。这四大专业孵化平台的建设,为全面落实科委的工作方针奠定了坚实的基础，为北京地区今后孵化器的专业化发展作出了有益的探索。
另外还有一种专业孵化器的特殊形式--企业技术联盟 企业技术联盟是指两个或两个以上具有独立法人地位的行业龙头企业、高成长型企业、创业型企业、上下游关联企业或其他组织机构如大学、科研机构和中介机构等，为了适应技术快速发展和市场竞争需要而产生的优势互补或加强性组织，提高技术创新能力和借助外部技术资源共同增加企业核心知识和创新技术，以具有约束力的契约关系为依托,以共性技术和技术标准等为纽带,通过合作研发、资源共享、共同开拓市场等方式进行相互协作的利益共同体和合作组
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