NAMD入门教程(一)

11、这时会弹出“文本导入向导”对话框（图）。直接单击“完成”导入文本到Excel。

导入后，数据位于A1至A9，就是蛋白质骨架的RMSD值。我们还需要输入时间以进行作图。前面在配置文件中，我们的动力学模拟时间设定是2500 timesteps，1 timestep = 2fs（飞秒），所以共计5000fs = 5ps(皮秒)，又因为我们设定dcd文件的输出频率是250 timesteps输出一次（参见2.3.1配置文件），所以每次输出对应0.5ps。因此在B1-B9中依次输入1, 1.5,…,4.5，5。注意：0.5ps是第一帧，被用作计算的基准帧。

12、为了作图方便，我们将A列的RMSD值数据剪切→粘贴到C列。A列空出即可（图）

13、选择“插入”→“图表”开始作图。在弹出的对话框中选择“XY 散点图”中的右下角子图表“折线散点图”。点击“完成”即可看到做出的初步图形（图）

0.90.80.70.60.50.40.30.20.100123456系列1 14、进一步进行修饰并加上图题等内容可以得到最终结果（图）。

RMSD0.90.80.70.60.50.40.30.20.1000.511.5球形水体中泛素RMSD(5ps)T/ps22.533.544.555.5 其实上面的这张RMSD图中的信息量很少，因为本次分子动力学模拟时，能量平衡进行的时间太短，写入dcd文件的频率又低，2500 timesteps 中，一共输出了10帧，因此作图呈离散点状。下面是一张典型的RMSD值图：

可以看到，RMSD值在最后逐渐趋于恒定，在一定值上下波动。这说明体系已经达到能量平衡。虽然从我们自己做的RMSD图中得不出明显的结论，但是基本分析方法我们已经掌握了。