SDS-PAGE自制胶操作规程
一:试剂准备
SDS-PAGE电泳所用溶液:
30 %聚丙烯酰胺溶液 (100 mL)
丙稀酰胺(Arc)29.2g,N-N-甲叉双丙稀酰胺(Bis)0.8g,加入去离子水定容至100mL,过滤于棕色玻璃瓶中4℃贮存。将商品用的40 %聚丙烯酰胺溶液稀释到浓度为30 %,冰箱4℃保存。
分离胶缓冲液1.5mol/L Tris·HCl,pH8.8:23.23gTirs碱,溶于80mL去离子水中,加入盐酸调节pH值至8.8,定容至150mL。 浓缩胶缓冲液0.5mol/L Tris·HCl,pH6.8: 6.0gTirs碱,溶于60mL去离子水中,加入盐酸调节pH值至6.8,定容至100mL。
10%SDS:2gSDS溶于去离子水中,定容至20mL,加热至68℃助溶。
10%过硫酸铵:0.1g过硫酸铵,溶于1mL去离子水中;现配现用或分装冷冻备用。 TEMED(N-N-N`-N`-四甲基乙二胺)原液,室温保存。 1×Tris-甘氨酸缓冲液 (1 L)
Tris碱
甘氨酸(电泳级) SDS
2×SDS凝胶还原型加样缓冲液(5mL)
0.25 mol/L Tris-Cl (pH 6.8) SDS 甘油
β-巯基乙醇
(DTT(二硫苏糖醇) 溴酚兰 双蒸水 考马斯亮蓝染色液
考马斯亮蓝R-250 甲醇 冰醋酸 ddH2O
考马斯亮蓝脱色液(甲醇脱色液效果好,但有毒性)
450mL乙醇(甲醇) 冰醋酸 ddH2O
PH7.4PBS(0.01M)1L
KH2PO4 Na2HPO4 NaCl
1
3.03 14.4g 1g
1 mL 0.25g 0.189g 2.5ml 0.385g 0.001g
定容到5ml
1.0g 450 mL 100 mL 450 mL 450mL 100mL 450mL 1 mL 0.25g 0.189g
KCl 2.5ml
二:凝胶配置
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1.将短玻璃板放在带有边条的长玻璃板上,做成玻璃板夹心。玻璃板应保持干燥洁净。
2.将玻璃夹心放入灌胶架,短玻璃板冲前。两块玻璃板底部齐平。 3.锁紧夹子(绿色),夹紧玻璃板夹心,做成灌胶模块。
4.把灰色的橡胶垫放在灌胶架底部,将灌胶模块放在灰色的胶垫上,灌胶架上部一透明夹子,用此夹子夹住长玻璃板。
5.配制凝胶,以下为常用的SDS-PAGE凝胶体系
分离胶:
12% 15% H2O 3.4 ml 2.4 ml 1.5 M Tris-HCl, pH 8.8 2.5ml 2.5 ml 10% (w/v) SDS 0.1 ml 0.1 ml 30 %聚丙烯酰胺溶液 4.0 ml 5.0 ml 10% (w/v) (APS) 0.05 ml 0.05 ml TEMED 0.005ml 0.005ml
浓缩胶 (5%):
H2O 2.8 ml 0.5 M Tris-HCl, pH 6.8 1.25 ml 10% (w/v) SDS 0.050 ml 30 %聚丙烯酰胺溶液 0.9 ml 10% (w/v) (APS) 0.025ml TEMED 0.004 ml
先按顺序加入各项试剂配好分离胶后,倾斜模具,灌胶至距离梳齿下端0.5-1cm处,从两端用去离子水缓慢压平,放置到37℃恒温箱半个小时凝胶后,倒掉去离子水,残余的水用滤纸条吸干净;再按顺序加入各项试剂配制浓缩胶,灌满模具缓慢插入梳子,注意不要产生气泡。
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6.凝胶凝固后,取出梳子,加入准备好的样品。把玻璃板夹心(凝胶)从灌胶架上取下。
7.把玻璃板夹心放入电泳架,短玻璃板面冲里,做成电泳模块。 8.把电泳模块完全插入电泳架。
9.合上电泳架上的密封夹。如只跑一块胶,在另一侧放入随仪器配的挡板;在装配的过程中,会觉得很紧,为正常现象。 10.将整个装配好的电泳架放入电泳槽。 11.样品处理以干扰素为例:
离心菌种:
离心后的菌体,加入200ul的PH7.4的PBS溶解,超声清洗仪内超声20min后冻存于-20℃冰箱,如此反复三次后取20μl加入2*还原型上样缓冲液20μl,混匀沸水水浴十分钟,上样10ul每孔。
发酵离心菌体,发酵下罐离心菌体:
离心后的发酵液,加入原始体积7倍的PH7.4的PBS溶解,超声破碎仪内超声10min(超声一秒停顿五秒)后,取20μl加入2*还原型上样缓冲液20μl,混匀沸水水浴十分钟,上样10ul每孔。
下罐离心菌体:
离心后的菌体,于电子天平内精密称量0.1±0.01g,加入3.5ml的PH7.4的PBS溶解,超声破碎仪内超声10min(超声一秒停顿五秒)后,取20μl加入2*还原型上样缓冲液20μl,混匀沸水水浴十分钟,上样10ul每孔。
包涵体,洗涤包涵体:
于电子天平内精密称量0.02-0.03g包涵体,加入1ml的8M的尿素溶解,若不溶解可滴加6M的NaOH促进溶解,溶解后的包涵体用8M的尿素稀释6倍后,取20μl加入2*还原型上样缓冲液20μl,混匀沸水水浴十分钟,上样10ul每孔。
12.加入电泳液,内槽加入新配制电泳液,外槽为循环用电泳液,内槽没过短玻璃板,外槽按照电泳槽的上的指示加至合适的刻度。 13.盖上电泳槽的盖子,将电泳电极和电泳仪相连接,正极对正极,负极对负极(红
对红,黑对黑)。
14.在电泳仪上设定电泳电压或电流,开始电泳。
一般进行SDS-PAGE一块胶电泳时可使用11mA 恒流浓缩、22mA恒流分离的电流体系,大约60min 能完成电泳;进行SDS-PAGE两块胶电泳时可使用20mA 恒流浓缩、40mA恒流分离的电流体系,大约60min 能完成电泳,具体条件根据样品摸索。 15.电泳完成后,关闭电泳仪,拔出电极线。
16.打开盖子,取出电泳模块,打开密封夹,取出玻璃板(凝胶)。轻轻用撬胶板(绿色)撬开玻璃板,让凝胶滑入染色液中。 17.清洗电泳槽,玻璃板。
注意:丙烯酰胺为神经毒剂,电泳操作全部过程应戴PE手套操作!
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四:常见问题
Q:提高SDS-PAGE电泳分辨率的途径?
A:1、聚丙烯酰胺的充分聚合,可提高凝胶的分辨率。建议做法:待凝胶在室温凝固后,可在室温下放置一段时间使用。忌即配即用或4℃冰箱放置,前者易导致凝固不充分,后者可导致SDS结晶。一般凝胶可在室温下保存4天,SDS可水解聚丙烯酰胺。
Q:“微笑”(两边翘起中间凹下)形带原因?
A:主要是由于凝胶的中间部分凝固不均匀所致,多出现于较厚的凝胶中。 处理办法:待其充分凝固再作后续实验。 Q:“皱眉”(两边向下中间鼓起)形带原因?
A:主要出现在蛋白质垂直电泳槽中,一般是两板之间的底部间隙气泡未排除干净。 处理办法:可在两板间加入适量缓冲液,以排除气泡。 Q:为什么带出现拖尾现象?
A:主要是样品融解效果不佳或分离胶浓度过大引起的。
处理办法:加样前离心;选择适当的样品缓冲液,加适量样品促溶剂;电泳缓冲液时间过长,重新配制;降低凝胶浓度。 Q:为什么带出现纹理现象?
A:主要是样品不溶性颗粒引起的。
处理办法:加样前离心;加适量样品促溶剂。 Q:什么是“鬼带”,如何处理?
A:―鬼带‖就是在跑大分子构象复杂的蛋白质分子时,常会出现在泳道顶端(有时在浓缩胶中)的一些大分子未知条带或加样孔底部有沉淀,主要由于还原剂在加热的过程中被氧化而失去活性,致使原来被解离的蛋白质分子重新折叠结合和亚基重新缔合,聚合成大分子,其分子量要比目标条带大,有时不能进入分离胶。
处理办法:在加热煮沸后,再添加适量的DTT或β-巯基乙醇,以补充不足的还原剂;或可加适量EDTA来阻止还原剂的氧化。 Q:为什么溴酚蓝不能起到指示作用?
A:我们在实验中常会遇到溴酚蓝已跑出板底,但蛋白质却还未跑下来的现象。主要与缓冲液和分离胶的浓度有关。
处理办法:更换正确pH值的Buffer;降低分离胶的浓度。 Q:为什么电泳的条带很粗?
A:电泳中条带很粗是常见的事,主要是未浓缩好的原因。
处理办法:适当增加浓缩胶的长度;保证浓缩胶贮液的pH正确(6.8);适当降低电压;
Q:为什么电泳电压很高而电流却很低呢?
A:这种现象一般初学者易出现。比如电压50v以上,可电流却在5mA以下。主要是由于电泳槽没有正确装配,电流未形成通路。包括:a.内外槽装反;b.外槽液过少;
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