3. 免疫共沉淀 是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的经典方法，是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。 当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来。 基本原理： 在细胞裂解液中加入兴趣蛋白的抗体，孵育后再加入与抗体特异结合的固化于Argarose珠上的Protein A或G，若细胞中有与兴趣蛋白结合的目的蛋白，就可以形成这样一种复合物：“目的蛋白—兴趣蛋白—抗兴趣蛋白抗体—Protein A或G”，通过离心分离沉淀下来。 免疫共沉淀的灵敏度取决于Protein A (or G) 与 IgG的Kd、IgG与其他蛋白的Kd值。检测的是相互作用蛋白；其效率还涉及复合物中蛋白质X，Y，Z的Kd 值。 Z Protein A Kd IgG Kd Protein X* Kd Protein Y Kd Protein Z IgG Protein A Bead X Y 兴趣蛋白 目的蛋白 这种方法得到的目的蛋白是在细胞内与兴趣蛋白天然结合的，符合完整细胞内生理性相互作用的实际情况，得到的结果可信度高。 Cell Lysis and X Y Z Cell Immunoprecipitation of protein X X Y Z 细胞裂解与蛋白质X的免疫沉淀 优点:
（1）相互作用的蛋白质都是经翻译后修饰的，处于天然状态；
（2）蛋白的相互作用是在自然状态下进行的，可以避免人为的影响；
（3）可以分离得到天然状态的相互作用蛋白复合物。 缺点：
可能检测不到低亲和力和瞬间的蛋白质－蛋白质相互作用
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