原核生物 ----古生菌界（2门63属208种）----泉古生菌门---广古生菌门----细菌界
2.细菌的分类 ●《系统手册 》（一版，1984~1989年，共4卷）卷 类型 群（Section） 主要代表 Vol. 1 G- 1~11 section 肠杆菌，假单孢菌， Vol. 2 G+ 12~17 section 芽孢杆菌，梭菌，
Vol. 3 古生菌等 18~25 section 甲烷菌，嗜盐菌， 光合细菌Vol. 4 产孢放线菌 26~33 section 链霉菌 3.真菌（Fungi）的分类系统 ●Ainsworth系统
《 The fungi 》, Ainsworth, 1973
《 Ainsworth and Bisby’s Dictionary of the Fungi》
----7版，1983年，Hawksworth----8版，1995年， Hawksworth 真菌界5个亚门的分类特征（略） §.4 微生物分类鉴定方法 1、 经典分类鉴定方法（略） 二、现代分类鉴定方法 1．微生物遗传型的鉴定
（1）DNA碱基比例的测定 （G+C）mol%： ●测定方法：解链温度法（Tm值法） ●特点：
----(G+C)mol%值只能做否定判断；----（G+C）mol%值差别>5，属不同的种； 差别>10，属不同的属。
（2） 核酸分子杂交法(DNA-DNA杂交)
● DNA-DNA分子杂交法原理：DNA分子解链的可逆性和碱基配对的专一性。 DNA-DNA杂交（固相杂交法）
单链DNA（待测菌株）转硝酸纤维素膜——加入放射性标志参照菌DNA杂交（单链）——洗去未杂交DNA——闪烁计数器计数 结论：
1. DNA同源性≥ 60%——（同种）2. DNA同源性≥ 70%——（同亚种）
3. DNA同源性60~ 70%——（不同亚种）4. DNA同源性20~ 60%——（同属） 16s rRNA分析作为细菌进化的 计时器
●生物共有的●一定的信息量（1542个核苷酸） ●一定的保守性●便于比较研究
（3）16s rRNA寡核苷酸编目分析
待测菌株rRNA（放射标志）——RNA酶水解——双向电泳——寡核苷酸系列 （6个以上核苷酸） ——测序→求SAB
（4）16s rRNA核苷酸序列分析 ● DNA-PCR法
提取DNA——PCR扩增16SrRNA基因——PCR产物纯化分析——16SrRNA基因序列测定 ●相似性结果判断：
1. SAB≥95 %——同种2. SAB为85~95%——同属3. SAB≤85 %——不同属 已知序列的ｒＲＮＡ分类表（--1998.8）
序列 真核生物 古细菌 细菌 质体 线粒体 合计
LSUrRNA* 96 31 213 51 217 608 5ＳrRNA 1318 60 439 63 9 1889
SSUrRNA 3166 324 7336 120 601 11547
LSUrRNA:大亚基核糖体rRNA；SSUrRNA：小亚基核糖体rRNA 2．细胞化学组分的鉴定 细胞结构 成分
壁 肽聚糖、化学组分
膜 枝菌酸（棒杆菌酸；分枝菌酸）甲基萘醌 全细胞 水解糖类
1.细胞壁化学类型（分为9种类型）
----- 氨基酸：DAP、Gly、Lys、Asp、Orn----糖类：阿拉伯糖、半乳糖 ● 测定方法：TLC （薄层层析法） （2）全细胞水解液的糖型 糖类型 特征糖类
A 半乳糖、阿拉伯糖、 B 马杜拉糖 C 无特征糖类 D 木糖、阿拉伯糖 E 半乳糖
主要放线菌属的细胞壁类型和全细胞水解糖类 属 细胞壁化学类型 全细胞水解糖类
Streptomyces I（L-DAP；Gly） C（无特征糖类）
Micromonospora II（Meso-DAP；Gly） D（阿拉伯糖，木糖） 3．数值分类法
（1）菌株选择（OUT-操作分类单位）（2）选择实验项目 （3）数字编码（4）计算机分析 ------ 相似系数的计算； 结果分析：
1. S （相似值）≥85%——（同种） 2. S （相似值）≥65%——（同属）
3. S （相似值）≤65%——（亲缘关系较远） ●数值分类法与传统分类法的比较 （略）
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