会中介机构与政府部门实行脱钩改制意见的通知》； 2000年2月，国办转发了教育部等部门《关于调整国务院部门（单位）所属学校管理体制和布局结构实施的意见》； 2001年8月，中办、国办转发了中宣部、国家广电总局、新闻出版总署《关于深化新闻出版广播影视业改革的若干意见》。所有这些文件，对各类事业单位的改革都提出了具体政策，事业单位改革分领域不断推进。
第三阶段：2002年党的十六大至2007年党的十七大。党的十六大报告进一步强调：“按照政事分开原则，改革事业单位管理体制”；十六届三中全会提出“继续推进事业单位改革”；四中、五中全会进一步提出“加快推进事业单位分类改革”。按照这些精神，各省区市都选择了一些领域和若干地市开展分类改革的综合试点。这期间，有9个省、区、市出台或研究拟定了分类改革方案，13个省、区、市对事业单位进行了摸底调查和清理整顿，7个省、区、市对事业单位进行了模拟分类，13个省、区、市推进了改革试点工作，其中进展较快的省、区、市已完成试点。各地开展事业单位分类改革综合试点的主要做法有：合理划分政事职责，把事业单位承担的行政职能划归行政机关，把机关承担的一些辅助性、技术性、服务性职能交给事业单位；推进事业单位社会化，建立事业单位法人登记制度，鼓励支持事业单位实行横向联合，变事业单位由国家举办、靠国家花钱为“花钱买
服务”；对重复设置、业务相近、规模过小、任务已完成或严重不足的事业单位予以撤销或合并，将主要从事生产经营活动的事业单位转制为企业，部分具有行政职能的事业单位并入行政机关。这期间，文化事业单位改革试点成为事业单位改革的一个亮点。从 2003年7月开始，在党中央、国务院的领导下，在中央文化体制改革试点工作领导小组的具体指导下，在全国9个地区和35个单位进行了文化体制改革试点。试点将文化事业单位分为公益性和经营性两类，前者以增加投入、转换机制、增强活力、改善服务为重点，后者以创新体制、转换机制、面向市场、壮大实力为重点。经过试点，文化事业单位的体制机制有了较大突破，一大批事业单位通过改革焕发了生机与活力。2005年底，党中央、国务院下发了《关于深化文化体制改革的若干意见》，文化事业单位改革全面推进。在从2003年开始的农村配套改革的乡镇机构改革中，把乡镇事业单位改革作为一个重要方面，结合乡镇行政机构一并进行改革。
第四阶段：2007年党的十七大至今。党的十七大要求进一步深化事业单位的分类改革。十七届二中全会通过的《关于深化行政管理体制改革的意见》对深化事业单位改革提出了具体要求，明确“按照政事分开、事企分开和管办分离的原则，对现有事业单位分三类进行改革。主要承担行政职能的，逐步转为行政机构或将行政职能划归行政机构；主要从
事生产经营活动的，逐步转为企业；主要从事公益服务的，强化公益属性，整合资源，完善法人治理结构，加强政府监管。推进事业单位养老保险制度和人事制度改革，完善相关财政政策”。按照十七大和十七届二中全会的要求，事业单位改革继续深化。在国务院的领导下，有关部门在广泛深入的调查研究的基础上，抓紧起草深化事业单位改革的总体方案和配套改革措施。为了探索经验，2008年国务院决定在山西、上海、浙江、广东、重庆进行事业单位改革试点。文化事业单位改革整体推进，各地在已取得成效的基础上，改革继续扩大范围，深入发展。为了推动改革，2008年10月国办印发了《关于文化体制改革中经营性文化事业单位转制为企业和支持文化企业发展两个规定的通知》，明确了改革的配套政策措施。到2008年底，全国333个地级市中，开展文化事业单位改革的已达117个。2009年，对出版社进行改革，全国出版社除保留4家外，全部转企改制为企业；杂志社的转企改制工作也逐步展开。多年来，卫生事业单位改革一直没有停止。在新农合和城市社区卫生服务机构基本健全后，2009年4月党中央、国务院下发了《关于深化医药卫生体制改革的意见》，提出医药卫生体制改革坚持公共医疗卫生的公益性质，实行政事分开、管办分开、医药分开、营利性和非营利性分开，以建立健全覆盖城乡居民的基本医疗卫生制度，切实缓解“看病难、看病贵”的问题。深化医药卫
生事业单位改革要完善公共卫生服务体系、医疗服务体系、医疗保障体系、药品供应保障体系，着力抓好基本医疗保障制度、国家基本药物制度、基层医疗卫生服务体系、基本公共卫生服务均等化、公立医院等五项重点改革。2010年2月，卫生部、中央编办、发改委、财政部、人力资源和社会保障部联合下发了《关于印发公立医院改革试点指导意见的通知》，决定在各省、区、市已经分别选择1－2个城市（城区）进行公立医院改革试点的同时，国家选16个有代表性的城市进行公立医院改革试点。
几个主要行业的事业单位改革
我国共有事业单位130万个，从业人员约3000万人。无论是机构数还是从业人员数，都是仅次于企业的第二大法人组织。在这些事业单位中，人数最多的是教育、卫生、文化、科研系统。教育事业单位48万个，人员1400万，约占事业单位人员总数的 50%；卫生事业单位10万个，人员400万，约占事业单位人员总数的15%；文化事业单位8万个，人员150万，约占事业单位人员总数的4%；科研事业单位8000多个，人员69万，约占事业单位人员总数的2.4%。改革开放以来我国在推进事业单位改革中，始终把这几个行业作为重点。
教育事业单位改革。教育事业单位改革集中在管理体制、办学体制、投入机制等方面。主要内容有：对中小学实施九
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