mega5进化树构建 - 图文

图文详解MEGA 5构建系统发育树

1． 准备序列文件

准备fasta格式序列文件（fasta格式：大于号>后紧跟序列名，换行后是序列。举例如下）。每条序列可以单独为一个文件，也可以把所有序列放在同一文件内。

核酸序列：

>sequence1_name

CCTGGCTCAGGATGAACGCT 氨基酸序列： >sequence2_name

MQSPINSFKKALAEGRTQIGF

2． 多序列比对

打开MEGA 5，点击Align，选择Edit/Build Alignment，选择Create a new alignment，点击OK。

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这时需要选择序列类型，核酸（DNA）或氨基酸（Protein）。

选择之后，在弹出的窗口中直接Ctrl + V粘贴序列（如果所有序列在同一个文件中，即可全选序列，复制）。也可以：点击Edit，选择Insert Sequence From File，选择序列文件（可多选）。

序列文件加载之后，呈蓝色背景（为选中状态）。点击按钮 ，选择Align DNA（如果是氨基酸序列，则会出现Align Protein）。弹出的窗口中设置比对参数，一般都是采用默认参数即可。点击OK，开始多序列比对。

比对完成后，呈现以下状态。

这时需要截齐两端含有---的序列：选中含有---的序列，按键Delete删除（注意：两端都需要截齐）。截齐之后，保存文件为：filename.mas

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3．构建系统进化树