方法1：点击Image，选择Save as PDF file，保存至filename.pdf。打开软件Adobe Illustrator CS6，文件---打开---选择刚刚保存的PDF文件。修改好之后，文件---导出---可以导出很多种类型的文件。一般选择保存成TIFF（.tif）文件，颜色模式选择RGB，勾选LZW压缩，其他默认。
方法2：点击Image，选择Copy to Clipboard。粘贴到Word中，右击进化树图片，编辑图片。即可更改字体字号。修改好可以了。或者进一步导出图片格式：先将该word文件打印生成PDF文件，再用Adobe Illustrator CS6或Adobe Photoshop CS6导出图片格式。
Mega建树
虽然Clustal X可以构建系统树，但是结果比较粗放，现在一般很少用它构树，Mega因为操作简单，结果美观，很多研究者选择用它来建树。
(1) 首先用Clustal X进行序列比对，剪切后生成C: empjc-a.aln文件；(同上)
(2) 打开BioEdit程序，将目标文件格式转化为FASTA格式， File-Open- C: empjc-a.aln， File-Save As- C: emp jc-b.fas；
(3) 打开Mega程序，转化为mega格式并激活目标文件，
File-Convert To MEGA Format- C: emp jc-b.fas → C: emp jc-b.meg， 关闭Text Editor窗口-(Do you want to save your changes before closing?-Yes)；
Click me to activate a data file- C: empjc-b.meg-OK- (Protein-coding nucleotide sequence data?-No)； Phylogeny-Neighbor-Joining(NJ)
Distance Options-Models-Nucleotide: Kimura 2-parameter; √d: Transitions+Transversions; Include Sites-⊙Pairwise Deletion
Test of Phylogeny-⊙Bootstrap; Replications 1000; Random Seed 64238
OK；开始计算－得到结果；
(4) Image-Copy to Clipboard-粘贴至Word文档进行编辑。
此外，Subtree中提供了多个命令可以对生成的进化树进行编辑，Mega窗口左侧提供了很多快捷键方便使用；View中则给出了多个树型的模式。下面只介绍几种最常用的：
Subtree-Swap:任意相邻两个分支互换位置；
-Flip:所选分支翻转180度；
-Compress/Expand:合并/展开多个分支； -Root:定义外群；
View-Topology：只显示树的拓扑结构； -Tree/Branch Style:多种树型转换； -Options:关于树的诸多方面的改动。 3 、TREECON
打 开Clustal X，File-Load sequences-jc-a.aln，File-Save Sequence as?(Format-PHYLIP；Save from residue-1 to 末尾；Save sequence as : C: empjc.phy)；
打开TREECON程序， (1) Distance estimation
点 击Distance estimation-Start distance estimation，打开上面保存的jc.phy文件，Sequence Type-Nuleic Acid Sequence，Sequence format-PHYLIP interleaved，Select ALL，OK；
Distance Estimation-Jukes&Cantor(or Kimura)，Alignment
positions-All，Bootstrap analysis-Yes，Insertions&Deletions-Not taken into account，OK；
Bootstrap samples-1000，OK；运算，等待?? Finished-OK。
(2) Infer tree topology
点击Infer tree topology-Start inferring tree topology，Method-Neighbor-joining, Bootstrap analysis-Yes，OK.；运算，等待??
Finished-OK。
(3) Root unrooted trees
点击Root unrooted trees-Start rooting unrooted trees，Outgroup opition-single sequence(forced)，Bootstrap analysis-Yes，OK；
Select Root-X89947，OK；运算，等待?? Finished-OK。
(4) Draw phylogenetic tree
点击Draw phylogenetic tree，File-Open-(new) tree，Show-Bootstrap values/ Distance scale。
File-Copy，粘贴至Word文档，编辑。
TREECON 的操作过程看起来似乎较MEGA烦琐，且运算速度明显不及MEGA，如果参数 选择一样，用它构建出来的系统树几乎和MEGA构建的完全一样，只在细节上，比如Bootstrap值二者在某些分支稍有不同。在参数选择方 面，TREECON和MEGA也有些不同，但总体上相差不大。
4、 PHYLIP
PHYLIP 是多个软件的压缩包，下载后双击则自动解压。当你解压后就会发现PHYLIP的 功能极其强大，主要包括五个方面的功能软件：i，DNA和蛋白质序列数据的分析软件。ii，序列数据转变成距离数据后，对距离数据分析的软件。 iii，对基因频率和连续的元素分析的软件。iv，把序列的每个碱基/氨基酸独立看待（碱基/氨基酸只有0和1的状态）时，对序列进行分析的软件。v，按 照DOLLO简约性算法对序列进行分析的软件。vi，绘制和修改进化树的软件。在此，主要对DNA序列分析和构建系统树的功能软件进行说明。
(1) 生成PHY格式文件
首 先用Clustal X等软件打开剪切后的序列文件C: empjc-a.aln另存为C: empjc.phy(使用File-Save Sequences As命令，Format项选“PHY”)。用BioEdit或记事本打开(2) 打开Phylip软件包里的SEQBOOT
seqboot.exe: can't find input file \ Please enter a new file name> C: empjc.phy 按路径输入刚才生成的 *.PHY文件，显示如下： Bootstrapping algorithm, version 3.6a3 Settings for this run:
D Sequence, Morph, Rest., Gene Freqs? Molecular sequences J Bootstrap, Jackknife, Permute, Rewrite? Bootstrap
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