生物信息学实验报告 - 图文

多重序列比对结果详见电子稿附件：VP7.aln文件

2. 在GeneBank数据库中检索10条SARS病毒Spike蛋白的氨基酸序列，使用CLUSTALX软件对这十条序列进行多重序列比对；

检索结果详见电子稿附件：Spike SARS.txt文件

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多重序列比对结果详见电子稿附件：Spike SARS.aln文件

3. 使用ClustalW软件或其他软件包构建上述DNA分子系统发生树。 三． 实验要求：

1. 提交使用CLUSTALX及PHYLIP软件进行多重序列比对及构建系统发生树的结果；

VP7 outtree:

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Spike of SARS outtree:

2. 总结多重序列比对及构建系统发生树的关键事项。

选择合适的比对算法，构建系统发生树时适当选择独立关系的分支序列。

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实验三 蛋白质结构分析及结构预测

一． 实验目的：

1、掌握蛋白质序列检索的操作方法； 2、熟悉蛋白质基本性质分析； 3、了解蛋白质二级结构预测。

5. 学会运用结构浏览软件对生物大分子的结构进行观察。 二． 实验内容：

1. 使用Entrez或SRS信息查询系统检索水通道(Aquaporin-1, AQP1)蛋白质序列。

>gi|57163949|ref|NP_001009194.1| aquaporin-1 [Ovis aries]

MASEFKKKLFWRAVVAEFLAMILFIFISIGSALGFHYPIKSNQTTGAVQDNVKVSLAFGLSIATLAQSVGHISGAHLNPAVTLGLLLSCQISILRAIMYIIAQCVGAIVATVILSGITSSLPDNSLGLNALAPGVNSGQGLGIEIIGTLQLVLCVLATTDRRRRRDLGDSGPLAIGFSVALGHLLAIDYTGCGINPARSFGSSVITHNFQDHWIFWVGPFIGAALAVLIYDFILAPRSSDLTDRVKVWTSGQVEEYDLDADDINSRVEMKPK 2. 给出实例了解生物大分子结构数据库PDB中的记录方式，看懂记录中的内容并会运用Rasmol软件观察蛋白质的三维结构。

PDB文件1IH5.pdb的记录方式分析见附录。下图为在Rasmal软件中观察的结果：

球棒模型

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