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Bruker - 晶体解析攻略-by J.H.Wang

来源:用户分享 时间:2025/6/14 4:10:46 本文由loading 分享 下载这篇文档手机版
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2.xxxx换成你的晶体的数量,一个就是a,两个就是two... study的单复数也要记得改。。。不能让外国人笑话我们的英语。。。 7.4 疑难杂症处理方案

7.4.1 ** Absolute structure probably wrong - invert and repeat refinement **精修的时候出现上面的提示,不知道该怎样处理?

ins file: move 1 1 1 -1 使结构翻转。

或者在XSHELL中把invert选定,然后XL就可以了。

精修后的FLACK可能不正常,这个问题用重做吸收矫正来纠正。通常这个值在0或1附近。绝对构型的判断有一个前提,如果用Mo射线分析,结构内没有大于Si的原子,那这个绝对构型是不准确的。另外修正时衍射点不能被平均,即参数要设置成 MERG 3

7.4.2 PLAT035_ALERT_1_B No _chemical_absolute_configuration info given . ?

在分子量后面加上一行:

_chemical_absolute_configuration '???' 引号里面填上该结构的构型,如“R” 或“S\

flack接近0表示绝对构型正确,flack接近1表示绝对构型错误,此时必须要翻转。对于大部分空间群,构型转换只需在INS文件中加入如下指令: MOVE 1 1 1 -1。可以看看陈晓明的书。 经验常识

氢键的形成经验距离:

X-H…Y,X…Y=3.2-4.0埃,H…Y<3埃

一些正常键长数据 C-C = 1.53,1.51,1.47

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C-N = 1.47-1.50

C-O(H)= 1.41-1.44,1.30(羧酸根的) C=O = 1.19-1.23,1.21-1.23(羧酸根的) C-Cl = 1.72-1.85 C-NO2 = 1.21-1.22 C-S = 1.82

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