生产企业、贸易企业、物流企业为主，主要业务涉及基础产品代工、原材料采购、货物航运等领域，研发设计、高端装备、精密仪器等领域所占比重较小。相当部分的综合保税区是在原有的出口加工区、保税物流园区等海关特殊监管区升级而来，继续沿用原有的发展思路和模式，导致综合保税区产业仍处在低端环节。大部分综合保税区还是沿用过去依赖税收、进出口报关等方面的政策优势吸引进传统的出口贸易、加工制造等企业入驻，没有充分发挥出综合保税区在研发、检测、国际中转、虚拟港口等方面的功能集成作用，吸引科技研发服务、全球供应链管理、精密产品制造等企业入驻，提升综合保税区的产业链环节。
（三）通关、物流、金融等配套服务体系仍不完善
整体上，我国综合保税区现有的配套服务基本能够适应进出口贸易的需求，但随着对外贸易的快速增长，一些综合保税区现有的通关模式和配套服务已经出现瓶颈。通关方面，部分综合保税区存在着进出口报关环节周期较长、部门协调性差、信息化的通关平台建设不完善等阻碍通关效率提升的问题。近年来，部分综合保税区通过区港联动、集中报关等措施提高了通关效率。如成都高新综保区以英特尔作为试点企业，推行分送集报、自主运输等多重便捷的通关服务，使单票货物整体通关时间缩短了6小时，由成都到大连的运输时间由2-3天缩短到1天。
同时，综合保税区内的物流、金融等服务模式较少，综合保税区内可开展的仓单
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质押、融通仓、跨境电子商务外汇支付等现代化的物流和金融服务模式较少，必要的物流平台、交易平台、金融结算平台、电子商务平台等相对缺乏，制约综合保税区进出口贸易总量的快速增长。目前，部分综合保税区通过服务平台的试点先行，带来了贸易总量的快速提升。如海口综合保税区推进国际商贸平台建设，并在国际商品展示交易平台的基础上，着力建设国际大宗商品交易平台和跨境电子商务交易平台建设。在服务平台的促进下，海口综合保税区国际商贸辐射全球近50个国家和地区，贸易额由2012年的150亿元，增长到2013年的269亿元，使得贸易额首次超过工业总产值（海口综合保税区工业总产值165亿元），实现近80%的增长，成为海口乃至全省经济的新增量。
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