amber实战 (2)

Building atom parameters. Building bond parameters. Building angle parameters.

Building proper torsion parameters. Building improper torsion parameters. total 1 improper torsion applied Building H-Bond parameters.

Not Marking per-residue atom chain types. Marking per-residue atom chain types. (Residues lacking connect0/connect1 - these don't have chain types marked:

res total affected

CMET 1 )

(no restraints)

>quit

现在准备好拓扑文件和坐标文件，接下来就可以开始能量优化和动力学模拟了。如果愿意的话还可以用ambpdb这个命令生成一个pdb文件，直观地看一看生成了什么东西，命令如下： [snowyowls@localhost actualamber]$ ambpdb -p 1t4j.prmtop <1t4j.inpcrd> kankan.pdb | New format PARM file being parsed.

| Version = 1.000 Date = 09/08/06 Time = 16:36:09 [snowyowls@localhost actualamber]$

可以下载之后用看图软件欣赏，如果加了溶剂盒子的话，看的时候可要小心，会恨吓人的样子。

下面就要开始真正的模拟了。

搜索“diyifanwen.net”或“第一范文网”即可找到本站免费阅读全部范文。收藏本站方便下次阅读，第一范文网，提供最新人文社科amber实战 (2)全文阅读和word下载服务。