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点击上述操作界面中的“Close”按钮,返回“Sequence Data Explorer”操作界面。选择工具栏“Data”下拉菜单中的“Setup/Select Taxa&Groups”选项,弹出如下图所示操作界面:
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如上图操作界面,点击“New Group”按钮可以创建一个新的组,点击“Delete Group”按钮可以删除一个已经存在的组,在操作界面的中间竖排有五个按钮,
同最上端两个按钮可以把数据移入或移出一个选定的组,点击第三个按钮可以对选定的组进行重新命名,点击“+”按钮可以创建一个新的组,点击“—”按钮可以删除一个已经存在的组。注意,组的名字不能与任何一个样本重名。点击“Close”按钮,“Sequence Data Explorer”操作界面。点击此操作界面中的“Display”按钮,会弹出如下操作菜单:
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从上述操作界面图看,下拉菜单共有:“Show Only Selected Sequences”(仅显示选中的序列)、“Use Identical Symbol”(利用同一标记符号)、“Color Cells”(色彩单元)、“Sort Sequences”(序列分类)、“Restore Input Order”(恢复输入序列的顺序)、“Show Sequence Names”(显示序列名字)、“Show Group Names”(显示序列所在的组的名字)和“Change Font”(改变字体)八个选项。
选择“Show Only Selected Sequences”选项,只有被选中的序列才会在界面中显示,不过软件默认的是所有输入的序列都是被选中的,不过软件使用者是可以修改哪些序列被选中。
选择“Use Identical Symbol”选项,那么与第一个序列相同的核苷酸将用“.”显示,与之相比,发生变异的核苷酸才以“A、T、C、G”的形式显示。
选择“Color Cells”选项,不同的核苷酸将用不同的颜色显示,如下图所示。“Sort Sequences”选项有四个子选项:“By Sequence Name”(通过序列名字排列)、“By Group Name”(通过组的名字排列)、“By Group&Sequence Name”(通过组和序列的名字排列)、“As per Taxa&Group Organizer”()。
选择“Restore Input Order”选项,则序列排列顺序恢复到与输入数据文件中的顺序一样。
选择“Show Sequence Names”选项,则每个序列的名字被显示。选择“Show Group Names”,则每个序列所在的组的名字将被显示。
选择“Change Font”选项,可以改变序列名字、组名及其序列本身的字体大小及颜色,默认的字体大小是“小五”,默认的字体颜色是黑色,默认的字型是
常规,无下划线、删除线。
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点击“Sequence Data Explorer”操作界面的“Highlight”选项,会有如下图所示的下拉菜单选项:
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由上图可以看出,“Highlight”的下拉菜单共有七个选项:“Conserved Sites”(C,保守位点)、“Variable sites”(V,变异位点)、“Parsim-Info sites”(P,简约信息位点)、“Singleton sites”(S,单独位点)、“0-fold Degenerate sites”(0,未简并位点)、“2-fold Degenerate sites”(2,2倍简并位点)、“4- fold Degenerate sites”(4,4倍简并位点);其中后三个选项,只有在输入的序列是编码序码时才被激活。
选择“Conserved Sites”选项,所有的保守位点,即没有发生变异的位点,将被突出显示,位点的总数目将在状态栏(操作界面最下端)显示。
选择“Variable sites”选项,所有的变异位点,将被突出显示,位点的总数目将在状态栏(操作界面最下端)显示。
选择“Parsim-Info sites”选项,所有简约变异位点(即变异至少包括两种类型的核苷酸或氨基酸)将被突出显示,位点的总数目将在状态栏(操作界面最下端)显示。
选择“Singleton sites”选项,单突变(变异至少包括两种类型的核苷酸或氨基酸,而且在所有样本中仅发生一次)的位点,将被突出显示,位点的总数目将在状态栏(操作界面最下端)显示。
选择“0-fold Degenerate sites”选项,那些所有突变都是非同义突变的位点,将被突出显示,位点的总数目将在状态栏(操作界面最下端)显示。此选项只有在输入数据中含有编码蛋白的DNA序列时才被激活。
选择“2- fold Degenerate sites”选项,那些在所有突变中同义突变占1/3的位点,将被突出显示,位点的总数目将在状态栏(操作界面最下端)显示。此选项只有在输入数据中含有编码蛋白的DNA序列时才被激活。
选择“4- fold Degenerate sites”选项,那些所有突变全部是同义突变的位点,将被突出显示,位点的总数目将在状态栏(操作界面最下端)显示。此选项只有在输入数据中含有编码蛋白的DNA序列时才被激活。
点击“Sequence Data Explorer”操作界面的“Statistics”选项,会有如下图所示的下拉菜单选项:
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