生物信息学数据库_日本DDBJ数据库及其检索应用(1)(4)

情报杂志2003年第5期

多片段序列分析及系统树图的制作。

情报检索

DDBJ主页提供了多个有关生物信息学方面的其它相关数据库的链接,包括由NIG维护的CIB/DDBJHumanGenomicStudio、SQmatch、GIB、CAMUSdatabase、HCVdatabase等15个专业数据网站;同时还有与几十个日本国内及国外的常用生物信息学数据库链接,方便用户了解和使用。3 结语

DDBJ数据库是国际上最具权威的DNA序列数据库之一,其

图5 *coli初步检索结果页面

所发布的核酸序列信息在生物信息科学研究中起着相当重要的作用。它集数据收集、检索、分析功能于一体,为用户提供了多方位的服务,并且数据的检索方式灵活多样,可根据用户的层次差异和不同需求,提供由浅到深、由简到繁等多种检索途径。该数据库的检索方法较易掌握,但如何分析和利用所检得的数据结果需要较深的生物信息学专业知识背景。

如何为新形势下的用户提供诸如生物信息学等前沿学科的情报资料是一个日益迫切而又现实的问题,而作为图书情报工作人员,由于存在缺乏专业知识背景的障碍,在某些专业数据库的学习和深入过程有较大困难。作者认为图书情报工作人员应利用该数据库的数据和检索软件的特点,利用读者自身的专业知识背景,为读者提供生物信息学情报资料利用方面的咨询、指导工作。

参考文献

1 张成岗,贺福初编著.生物信息学方法与实践.北京:科学出版社,20022 http://www.ebi.ac.uk/embl/

3 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/GenBank/GenBankSearch.html4 http://www.ddbj.nig.ac.jp/

(责编:勃王京)

1.2.5 检索结果的处理。DDBJ数据库四个检索系统所检索到的数据结果,系统都提供Link(链接)、Save(存储)、View(浏览)及Launch(序列分析)等处理方式。Link让用户选择有关的数据库,把检索结果进一步限制在DDBJ数据与所选择数据库有相关链接的范围内;Save用于存储所选定的检索记录,保存的记录格式有单纯记录名称(NameOnly)、完整记录(Completeentries)、序列简单浏览格式(SeqSimpleView,包括DDBJ序列登录号、描述项和序列长度等)及FastaSeqs(此格式可直接用于序列分析),所保存的文件类型有可直接浏览的文本/html文件、二进位格式等;View提供与保存记录格式相同的显示选择项,用户可通过标记所需记录,选择显示格式,点击View按钮在当前浏览器上直接阅读记录内容;Launch可直接递交检索到的序列内容(标记所需记录,点击Launch按钮即可),利用NclusterW软件对所递交的序列进行分析。

2 数据分析及相关链接

共有CLUSTALW及其DDBJ扩展版2种分析软件,能提供

(上接第58页)是由信息提供者(

著者)驱动,称著者驱动型CAR。

对于变动的历史,CAR具备两种功能:一种功能是记忆哪个文档已经被传送和提供给用户,这样,可以防止同样的信息不断地传送给用户,可以提示用户该信息之前已经浏览过,或提示用户之前浏览过的信息已经更改;另一个重要功能是能记忆用户当前环境中每个字段过去的价值,这样在下一次的检索操作中,这个信息能自动添加,或据此作出预测。

随着Context-aware计算技术的发展,信息的巨量增长,用户环境的多样化和不断变化,CAR也在进一步研究和发展中。

参考文献

1 (Germany)T.Mandl.TolerantInformationRetrievalwithBackpropagation

Networks.NeuralComputing&Applications,2000;(9)

2 宋 玲,马军等.基于神经网络的概念联想和概念聚类.情报学报,2002;

(2)

3 (UK)R.I.John,G.J.Mooney.FuzzyUserModelingforInformationRe

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