生物信息学数据库_日本DDBJ数据库及其检索应用(1)(3)

1.2.3 SFgate&WAIS:这是一种比较简单的关键词检索途径,在检索词输入框内输入检索策略,点击startsearch按钮即

图1 Getentry检索及结果显示页面

可完成检索。检索词中若有-/,.及*,需用 或 表示。如 H-ras , gamma1/gamma2 , Atbe-G*01 , Geoffroy s , Kawanishi,Y. 等。多个词之间可用逻辑符 AND 、 OR 、 NOT 表示逻辑与、和及非的关系。

1.2.4 TXSearch(TaxonomyRetrieval):这是一种根据生物分类学的分类名称作为关键词进行检索的检索途径。检索界面如图4所示,Taxonomicname右侧为检索词输入框,可在此处输入多达128个字母的检索词,并且可用 * 作为通配符。Classoftaxo nomicname右侧的下拉菜单可选择所检索词的命名种类,共有 scientificname 、 preferredcommonname 、 commonname 和 All 四种,前者为科学名称,后二者表示常用名称,可任选其一进行检索。Taxonomicrank用于选择该词的等级,包括 ALL 、 norank 等32个等级词。定义好每页的记录显示数及结果显示格式后,点击search按钮,得到初步检索结果(图5)。初步检索结果提供所检索词的详细信息,如其完整的家系名称、该词的其它名称、遗传密码等;同时还可点击 Gotolowertaxa 、 Getsequence(s)relatedtothistaxon 了解该词的下级分类词或获取该词的相关序

列信息。

1.2.2 SRS(SequenceRetrievalSystem):DDBJ版权所有的分子生物学数据库核酸序列检索系统。它共有快速检索(QuickSearch,图2)和高级检索(AdvancedSearch)两种检索途径。

图2 SRS快速检索界面

快速检索可同时选择多个数据库进行检索;并且它只对来自 ID 、 Molecule 、 Description 、 AccNumber 、 Keywords 、 Source 、 Organism 、 Authors 、 Title 及 Comment 等十个默认字段的信息进行检索,即如果用户所提交的检索策略中的词不在这些默认字段中而是在其它字段中时就无法被检索出来,需要通过高级检索才能解决。

快速检索可用逻辑符 OR |、 AND &和 ANDNOT !来连接描述多个检索词之间的逻辑关系,如gorilla!mitochondria,meningitidis&penicillin&antibiotics,lion|tiger等。为使检索结果更精确,包含多个单词的独立词组需要用 。并且在词的任何位置可以放置 * 和 ? , * 表示任意个字符内容, ? 表示单个字符内容,在快速检索状态下,系统会自动为词尾加上 * 进行扩展检索。

高级检索共有Standard(标准)检索和Extended(扩展)检索两种方式。标准检索可一次输入4个检索词(可选择来自不同的字段)进行组合检索(图3)。如检索人类激酶类的核酸序列数据,可

图4 TXSearch检索界面

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